研究专业方向为清史、中国近现代史,主要研究领域为近代中国社会文化史、思想史、中西关系史。主要论著有《文化史的视野:黄兴涛学术自选集》、《中国文化通史·民国卷》(合著);《文化怪杰辜鸿铭》(台湾修订版改为《文化怪杰:辜鸿铭评传》);《闲话辜鸿铭——一个文化怪人的心灵世界》、《康乾盛世历史报告》(合著)等。主要译著有《中国人的精神》、《中国人自画像》(1998年获全国优秀畅销书奖)、《辜鸿铭文集》、《最后一个儒家:梁漱溟与现代中国的困境》等。主编《西方视野里的中国形象》译丛、《文化名门世家丛书》、《新史学:多学科对话的图景》、《中国文化通史》(副主编)、《清史编年》(副主编)、《民国时期社会调查丛编》(副主编)等。
20世纪80年代中期以来,研究的主攻方向为中国近现代思想文化史、中西文化交流史。在近代中西文化交流史的研究中,较为重视“中学西传”特别是华人在这一过程中的特殊贡献。其中关于辜鸿铭、陈季同的研究影响较大。2000年来,学术研究的兴趣逐渐转移到了关于清末民初学术文化的现代转型、民国文化史的宏观研究、中华民族观念的形成与认同,以及近代新名词的学术文化内涵与功能等方面来。