考古发掘与研究 上个世纪30、40年代，一批著名专家学者云集南京博物院，如李济、吴金鼎、夏鼐、曾昭燏、王天木等，他们或独立、或与中央研究院合作，对四川、云南、贵州、甘肃、新疆等地的民族、民俗、古迹、民间艺术，进行调查、发掘和研究，主持或参与了云南苍洱地区考古发掘、四川彭山崖墓考古发掘、河南安阳殷遗址考古发掘、山东日照两城镇龙山文化城址考古发掘等。通过收购、拨交、发掘，曾一度集中了全国的一流珍品二三十万件，其中包括绘画中的《历代帝后像》、《唐明皇幸蜀图》，铜器中的毛公鼎、司母戊鼎等稀世国宝。
上世纪50年代初，南京博物院作为华东文物工作队的主要组成，曾在江苏、福建、浙江、安徽、山东等地主持或参与发掘了一批文化遗址和墓葬，曾昭燏、尹焕章、赵青芳等主持发掘的南唐二陵、青莲岗遗址等大批墓葬都颇具影响。1954年后，考古调查和发掘工作以江苏境内为主。
上世纪90年代后，南京博物院的考古工作重点围绕区域文化研究，对大型遗址进行科 学的考古发掘，硕果累累。及至2007年底，由南京博物院主持进行的昆山赵陵山遗址（1991）、高邮龙虬庄遗址（1993）、扬州唐城遗址（1993）、徐州狮子山西汉楚王陵墓（1995）、扬州宋大城遗址（1995）、金坛三星村遗址（1998）、江阴高城墩遗址（1999）、连云港藤花落遗址（2000）、无锡鸿山越国贵族墓（2004）、江苏句容金坛土墩墓墓群（2005）等十项考古发掘，相继被评为“全国十大考古发现”，位居全国前列。其中藤花落、句容金坛土墩墓考古发掘还获得全国田野考古二等奖、三星村遗址的考古发掘获得三等奖，显示了南京博物院考古的实力和水平。
在考古发掘的基础上，南京博物院考古工作者历年整理出版了《南京附近考古报告》、《华东新石器时代遗址》、《南唐二陵》、《沂南古画像石墓发掘报告》、《北阴阳营》、《四川彭山汉代崖墓》、《无锡鸿山越墓》等大型发掘报告，尤其是提出的龙虬文化、“青莲岗文化”、“湖熟文化”等考古学文化的命名，曾在中国考古学界引起了较大的反响。 文物保护技术研究 南京博物院文物保护技术研究起步于上个世纪70年代中后期，承担着江苏省馆藏文物和地面文物的保护工作，并以较强的技术优势为周边省区抢救保护了大批珍贵文物。自2001年以来先后有“旧纸张保护技术”、“NMF—1防霉剂”、“复方中草药杀虫剂”等14个项目，获国家、文化部、省文化厅各种等级大奖。 “脆弱纸张网膜加固技术”在国内处于领先水平，“青铜器保护新材料”、“白蚁防治新药”等研究成果在全国推广应用，取得了显著的效益。 民族民俗学调查 民族民俗学的调查和征集工作是南博机构建置的另一特点，是全国博物馆中唯一设置有民族民俗学研究的机构，它起源于40年代在川、康、黔等省对彝、纳西、苗、傣、僳僳等少数民族的调查，而主要对太湖地区汉族的民俗、民风进行专题调查，并取得了可喜的成果。 学术活动及期刊 江苏省博物馆学会、考古学会、民俗学会和吴文化学会都挂靠在南京博物院，自上个世纪70年代后期起，以学会为依托，先后开展了“长江下游史前文化研究”、“红楼梦研究”、“吴 文化研究”等研究活动。由四个学会合办的《文博通讯》，经过十余年的发展，成为公开发行的《东南文化》杂志，是国内外文博、考古界的重要学术刊物，连续被评为省内10种优秀社科杂志之一，2001年还被列为“中国期刊方阵”的“双效”刊物。进入21世纪以来，南京博物院立足江苏，放眼全国，主办或承办的“中国文物保护技术协会第五次全国代表大会” 、“中国数字博物馆论坛暨中国博物馆学会博物馆数字化专业委员会2006年会”等一系列学术活动都获得较好的反响。 出版 建院以来，南京博物院主持编撰了文博、考古图书百余部。其中上世纪30年代曾昭燏、李济的著述《博物馆学》奠定了中国博物馆学的基础。进入新时期以来编撰出版的《南京博物院藏宝录》、《新沂花厅——新石期时代遗址发掘报告》、《南京博物院文物博物馆考古文集》、《中国清代官窑瓷器》、《南京博物院藏名画欣赏》、《南京博物院藏明清肖像画》 、《吴文化国际学术研讨会论文集》等都受到学界好评。 信息技术 随着现代信息技术的飞速发展，人类文明快速进入全球化和信息化的新时代，互联网等技术手段也在变革着人们利用博物馆的方式。1999年，南京博物院成立了信息中心。在规划、建设、维护本院的信息网络和通信网络系统的基础上，建立文化遗产信息管理系统，承担文博信息化科研工作。自建立以来在文博信息化建设方面取得了较多的成果，推动南京博物院进入了国内博物馆信息化建设的先进行列。2003年，设计、开发的南京博物院网站荣获文化部、团中央、国家信息化推进工作办公室、新华社和《人民日报》等十家单位联合颁发的“全国优秀文化网站”称号。完成了承担的国家“十五”科技攻关课题——“大遗址保护中虚拟现实技术的应用研究”的科研工作。信息中心还受到许多文博机构的邀请，协助数十家博物馆完成了信息化、多媒体展览的规划、设计。 在抗日战争内迁西南期间，一批著名专家云集于此，如李济、吴金鼎、夏鼐、曾昭橘、王天木等。进行考古发掘、民族调查，南京博物院还编辑出版《南京附近考古报告》、《华东新石器时代遗址》、《沂南汉画像石墓发掘报告》、《南京博物院院藏古画选集》 、《南唐二陵发掘报告》、《扬州八家画集》、《江苏省出土文物选集》、《苏州砖刻》、《南京博物院藏画集》、《江苏彩陶》、《江苏六朝青瓷》 、《六朝艺术》、《南朝陵墓石刻》、《太平天国壁画》、《南京博物院》 、《云南苍洱境考古报告》、《么些象形文字字典》等数十种图册、专著及《南京博物院集刊》、《东南文化》等刊物。
2002年10月15日，南京博物院获得“中国优秀文化网站”称号。
2002年11月中旬-2003年1月22日，由南京博物院考古研究所和宿迁市文化局、泗阳县广播电视文化局联合组成的考古队，对泗阳县三庄乡的陈墩汉墓、大青墩汉墓进行了抢救性考古发掘，出土了青铜器、漆木器、玉器、乐器、钱币、印章等一批珍贵文物，并且还发现了由庞大的木质大门、回廊、院子构成的一个完整的建筑形态。
2002年4月26日，南京博物院获南京市政府残疾人工作协调委员会、南京市无碍设施建设工作先进单位。
2002年，在江阴佘城遗址发现商代中期公共建筑。图为2号房址。
2002年6月21日，张雪菲同志参加江苏省省级机关纪念建党80周年演讲比赛，荣获中共江苏省委省级机关工作委员会颁发的演员二等奖.徐湖平作品《五月的鲜花》荣获一等奖。
