吉林省吉林中西医结合医院的创立历程可以追溯到1953年，当时吉林市人民政府在船营区西安路原制香厂旧址投资建设了一座2100平方米的两层楼，作为吉林市门诊部，寇国彦担任门诊部主任。门诊部设有内科、外科、儿科、眼科和牙科，最初只提供门诊服务，无病房。1957年，因麻疹肺炎疫情，医院增设了50张病床以应对疫情。
1958年，门诊部改名为吉林市船营医院，归属船营区卫生科，并增设了吉林市船营医院卫校和业余医学院。1961年，医院投资在郊区西下洼子办起了畜牧场，以改善职工生活。然而，由于经济状况不佳，畜牧场于1963年被撤销。1964年，医院更名为吉林市第三人民医院，归属吉林市卫生局，寇国彦任院长。此后，医院经历了文化大革命时期的动荡，直到1971年，随着吉林市中医院的并入和新建病房楼，医院管理结构发生了重大调整。
1975年，医院按照老、中、青三结合的原则组建新的革委会，宫守义任主任。1978年，恢复了吉林市第三人民医院的名称，实行院长分工负责制，医院规模和科室设置进一步完善。随着80年代的改革，医院成为吉林省中西医结合试点医院，明确了中西医结合的发展方向，并在1985年合并吉林市职业病医院，增设了中西医结合研究中心。
1986年，医院正式更名为吉林省吉林中西医结合医院，院长唐兆兴等人上任，同时加强了教学合作和中西医结合研究。1994年，医院开始创建国家三级甲等中西医结合医院，经过全员的共同努力，成功于1995年6月获得批准。1996年，医院被授予爱婴医院的称号，标志着医院在医疗服务上取得了新的里程碑。
吉林省吉林中西医结合医院（吉林市第三人民医院）位于吉林市临江门，长春路9号。医院是吉林省中西医结合医、教、研基地，是吉林省唯一的一所三级甲等中西医结合综合性医院。2003年12月被国家中医药管理局确定为国家级重点中西医结合医院建设单位。2004年12月率先在吉林市卫生系统推行了ISO-9001质量体系的实施，通过了评审认证，按照ISO9001质量体系的要求，实行科学化管理。2004年市政府将医院定为吉林市城区唯一的“光明扶贫”定点医院和“低视力矫治”定点医院。医院现为大连医科大学教学医院、长春中医药大学附属医院、北华大学第三临床学院。