井研县残疾人联合会设有两个主要内设机构：一室一股，即办公室和康复就业教育股。
一、办公室
办公室承担着综合协调机关政务的重任，包括机关的思想、政治、组织等工作。它负责机关党务，组织年度考核和评优活动，负责各类会议的组织和记录，以及议定事项的督办和提案办理。此外，办公室还负责文秘、档案、机要、保密、信访、财务、保卫、车辆等行政事务，管理残疾人的证照发放，推动残疾人法制建设和手语推广，负责对外交流与合作的协调，宣传残疾人事业，组织文体活动和助残活动，并处理县政府残疾人工作协调委员会的日常事务。同时，负责残联系统的信息化建设。
二、康复就业教育科
康复就业教育科主要负责残疾人康复工作的规划和实施，指导残疾人康复就业服务机构的业务，包括康复工作的推进和社会保障工作。他们关注残疾预防，指导残疾人用品用具的开发和供应，支持康复行业协会的学术交流和人才培训。在就业方面，科里负责残疾人劳动就业计划的制定，管理就业保障金，管理残联系统的福利企业，并参与残疾人扶贫项目。在教育方面，他们致力于残疾人教育的实施，包括学前教育、义务教育、高中及以上教育和成人教育，以及盲文的研究推广和盲人按摩工作。