2001年1月9日，国务院批准设立奉贤区，原奉贤县的行政区域成为奉贤区的新范围，区政府设立在南桥镇。
1999年，奉贤县由22个镇和4个农（盐）场组成，共计298个行政村，其中包括南桥镇、江海镇、奉城镇、塘外镇等。2000年人口普查显示，全县人口总数为624285人，涉及各个镇的具体数据也列出了详细数字。
2002年4月，奉贤区进行行政区划调整，将22个镇合并为16个，如南桥镇与江海镇合并为新的南桥镇。同年年底，奉贤区共有16个镇、4个开发区，以及290个村和64个居委会。
2003年，奉贤区进一步调整为7个镇，并在海湾旅游开发区范围内新建了海湾镇。截至2003年底，奉贤区辖8个镇，60个居委会和289个村委会，人口达到50.87万人。
2004年，奉贤区的镇区和居委会数量有所变动，但基本结构保持稳定。2005年12月31日，奉贤区的镇、居委会和村委会分别为8个、74个和270个，其中南桥镇、庄行镇等都是重要组成部分。
至2006年，奉贤区的行政区划代码有所调整，新增了渔业新村社区居委，同时镇的列表也更新为8个，如南桥镇（合并了江海镇）、奉城镇（合并洪庙）、柘林镇（合并了齐贤镇）等。
奉贤，即“敬奉贤人”之意，相传孔子弟子言偃曾来境讲学而得名。奉贤区内原齐贤镇，即见贤思齐之意。2011年，奉贤区现辖8个镇：南桥镇、奉城镇、四团镇等。于1726年（清雍正四年）设立的奉贤县，于2001年8月24日撤县设区，至此结束了奉贤置县275年的历史。2000以前，由于奉贤偏远的地理位置，得不到一个与上海中心城区或其他上海郊区相应的发展，以致至今在上海各区県的经济实力都位于较低水平，仅高于交通更加不便的崇明县。2004年以后，奉贤区开始积极培育以游艇旅游为主要项目来，并与附近的金山区致力打造全中国最大的海上旅游基地。