铁路改革中铁路警察的归属问题一直没有直接的文件说明，只能从以下方面进行大致的推测，实际的去向还应以文件为准。
3月10日，国务院机构改革和职能转变方案公布并提请十二届全国人大一次会议审议。在此方案中，并没有明确铁路公安的归属。铁道部公安局既没有被归到公安部管理，也没有被归到交通运输部或者国家铁路局，铁路公安的归属成了一个谜。从那时起，前述铁路公安系统人士有空时就上网浏览消息，但至今没有看到铁路公安的归属方向。
按照改革前的职能划分，铁道部公安局由铁道部、公安部双重领导，其中党政工作由铁道部领导，公安业务工作由公安部领导。
网上流传的改革版本有两种：
一种方案是公安部直接管理“大交通”公安体制。
以前，铁路公安机关和其他交通运输公安机关的领导与管理体制一样，一直是铁道部和交通运输部直接领导和管理，公安部只是进行业务指导。在行业部门领导下的警察，常被当作部门保安来指挥使用，非警务活动繁多，警力甚至被当做劳力，特别是无法对行业内部形成有权威的执法监管，非常不利于交通运输公安机关的正规化、现代化、法治化，这也与现代司法体制的要求相去甚远。
按照司法体制改革的要求，铁路等行业公安机关应该脱离原来的行业部门领导，回归到公安部直接领导与管理的体制上来，这样更符合法治中国和平安中国建设理念。因此，应以此次铁路公安领导体制改革为契机，将铁路公安、交通运输公安局、民航公安局等交通运输公安机构回归公安部直接领导与管理(把公安部十局真正地变成内部业务局)，同时其在交通运输部设警务联络部派设常驻联络协调人员，建立一种新的警务联络保障机制。
另一种方案是在“大交通”运输体制下整合交通运输公安体制，组建交通运输部公安局。
如果原铁道部公安局、交通运输公安局和民航公安局不能直接回归到公安部，还有一种划归的管理体制，就是在交通运输下整合设立统管铁路、交通和民航公安机关的交通运输部公安局。
新组建的交通运输部公安局作为全国交通运输公安机关的最高领导和管理机构，职能定位应该是宏观上研究交通运输公安机关执法和队伍管理所需要的法律法规、政策方略、警务工作计划和监督等工作。或者即使不能整合现有的民航、交通运输公安局，也应该在国家铁路管理局下设专门的铁路公安局，将原来的铁道部公安局整体移植到国家铁路局下面，确保铁路公安局在“大交通”公安体制下运行。
参考：法治周末http://www.legalweekly.cn/index.php/Index/article/id/2877