中国闽台缘博物馆，作为国家级对台专题博物馆，其机构设置独特且功能齐全。该馆以副厅级规格运营，致力于对台文史资料的收藏、研究、展示、宣传和交流，展现福建与台湾之间深厚的历史联系。
馆内设有九个主要部门，包括党政办公室，负责馆领导日常事务协调、会议组织、党建工作、对外事务等，是馆内的重要中枢部门。
人力资源部负责人事和机构编制管理，包括招聘、薪资福利、职称申报以及离退休干部的管理。财务部负责资金管理和员工薪酬福利的核发，以及固定资产管理和会计档案管理。
藏品部专门负责文物保管、征集和修复工作，确保文物安全，同时为展览提供支持。展览开放部则负责活动策划、文化交流和教育工作，讲解员培训以及门票管理。
研究部负责学术研究规划、展览内容策划，以及对外学术交流，为馆内的研究工作提供专业支持。文献信息中心主要负责文献资料的管理、数字化和出版工作，确保信息的准确传播。
保卫部确保馆内文物和人员的安全，监督展览活动的安全措施，并处理相关管理工作。服务部则负责商业项目的开发和展馆物业管理，提供全方位后勤保障。
中国闽台缘博物馆位于福建省泉州市，是展示祖国大陆与宝岛台湾历史关系的国家级对台专题博物馆，总投资1.8亿元，占地154.2亩，主体建筑分四层，面积为23332平方米，高度为43米。配套的景观广场面积达19000多平方米，是目前泉州市规格、档次最高的一个广场，其入口处的“九龙柱”，高19米、宽2米，是祖国大陆最高的一对“九龙柱”。