办公厅
负责综合、分析全市纪检、监察工作情况；负责本机关政务工作；负责公文处理、档案、议案、建议、提案、信息综合处理等工作，以及重要会议的组织工作；负责市政府特邀监察员的选聘、组织联络工作；负责重要文件和会议决定事项的督查工作。
干部室
负责全市纪检、监察系统组织建设和机关干部队伍建设及管理工作；负责机关离退休干部的管理服务工作。
研究室
负责全市纪检、监察系统重大课题的调查研究，开展纪检、监察理论研究；负责起草市纪委、市监察局有关重要文件文稿。
宣传教育室
负责宣传党的纪检、行政监察工作的方针、政策，开展党风廉政建设和党纪政纪的宣传教育工作，组织指导全市纪检、监察干部的业务培训工作。负责市纪委主办的《是与非》杂志的编辑、出版、发行工作；负责《北京纪检监察》的编辑工作。
政策法规室
负责市纪检、监察机关政策、法规及党风廉政制度的研究、起草和解释工作。
信访室(北京市人民政府举报中心)
负责受理党组织、党员和国家行政机关及其工作人员的申诉；负责受理对党组织、党员和国家行政机关及其工作人员的检举控告。
案件审理室
负责违纪案件的审理和申诉案件的复核工作。
第一纪检监察室
负责各区县和农林系统局级单位党政组织、党政局级领导干部违反党纪政纪的案件和复杂的大案要案的查处工作，并检查和指导各区县和农林系统纪检监察机构的案件检查工作。
第二纪检监察室
负责公交、城建、商贸、金融系统党政组织、党政局级领导干部违反党纪政纪的案件和复杂的大案要案的查处工作，并检查和指导公交、城建、商贸、金融系统纪检监察机构的案件检查工作。
第三纪检监察室
负责市直、政法系统党政组织、党政局级领导干部违反党纪政纪的案件和复杂的大案要案的查处工作，并检查和指导市直、政法系统纪检监察机构的案件检查工作。
第四纪检监察室
负责文教卫体系统党政组织、党政局级领导干部违反党纪政纪的案件和复杂的大案要案的查处工作，并检查和指导文教卫体系统纪检监察机构的案件检查工作。
案件管理室
负责全市纪检监察机关案件查处情况的综合、统计、分析、报表、典型案例通报和信息反馈工作；负责协调有关执法执纪机关查办案件工作。
执法监察室
负责查处行政违纪违法案件和安全生产重大责任事故案件；推行阳光工程，对奥运场馆工程进行监督，完善建筑工程招投标制度；负责城市房屋拆迁中侵害居民职工合法权益、拖欠和克扣农民工工资专项治理；负责对大额资金管理使用情况的监督；效能监察工作。
纠正部门和行业不正之风工作办公室（北京市纠正行业不正之风办公室）
负责纠正损害群众利益不正之风工作，查处不正之风案件；负责治理教育乱收费、纠正医药购销和医疗服务中的不正之风、减轻农民负担、治理“六乱”（乱收费、乱摊派、乱罚款、乱检查、乱培训、乱签责任书）、治理公路“三乱”、治理党政部门报刊散滥、党政机关与所办企业和营利性事业单位脱钩工作；民主评议工作等。
领导干部廉洁自律工作室（北京市领导干部廉洁自律办公室）
负责组织落实中央和市委关于领导干部廉洁自律的各项工作部署和要求；监督检查全市各单位贯彻执行中央和市委有关领导干部廉洁自律各项规定及党风廉政责任制的落实情况；查办领导干部违反廉洁自律规定的案件。
监察综合室
承担监察局的日常行政监察的综合工作，负责与行政监察工作对口单位的联络与协调；负责深化源头治理，推行政务公开、行政审批制度改革、全程办事代理制、公共财政体制改革、投融资体制改革工作；建立和完善产权交易制度，政府采购制度；特约监察员管理工作等。
机关党委
负责本机关和直属单位的党群工作。
