在史学思想上，程应鏐既受传统史学的濡染，又汲取了新史学的理论方法，两者交融结合，形成自己的治史特色。他充分肯定由刘知几首倡、章学诚补充的“史学四长”之说，认为“现代能写出一本可称为史学的著作的，也必须具备这四长”。在史学的功能与作用上，他主张以史为鉴，古为今用，故而对司马迁的“究天人之际，通古今之变，成一家之言”，对司马光的“鉴前世之兴衰，考古今之得失”，都极为推崇，以为他们“以古为鉴的作史目的，实际上也是在史学的领域对古今关系的一种解决”。他所主张的以史为鉴、古为今用有两层涵义：一是指历史研究应该找出规律性的动向，以帮助当代人认识历史发展的方向与大势；二是指总结历史上某一方面的具体的经验教训，作为当代相关问题的借鉴。
程应鏐强调“学问之道，在于求真”，因而十分重视史料功夫。他自述大学时代所受的史学方面的训练，“考证、校勘占的份量颇重”。这种传统史学的早期训练，以及后来长期从事中国古代史的教学、研究的经历，使他在治学方法上尤其重视史料的作用。他认为“考证的目的在于求真”，赞誉司马光的《通鉴考异》“在某种意义来说，开创了我国求实的学风”，肯定清代朴学中有“一种科学的精神”。他主张，“学历史是要有点‘考据癖'的”，任何史料史实上的疏忽偷懒，都是他绝对不能容忍的。他一再告诫学生要抵御名利思想的侵袭，以“板凳要坐十年冷，文章不写一句空”作为座右铭，静心坐下来认认真真多读几部中国古代基本史籍。他让研究生第一年以逐字逐句研读《资治通鉴》为日课，就是要求他们打下研治中国古代史的深广扎实的基础：通过查找《通鉴》的史源，初通目录版本之学；在比勘相关史料时，校雠之法也得以略涉门径；在史料比较和溯源的同时，既可观摩司马光和胡三省在史料运用与考辨上的精当，若偶有讹误发现，又可粗知考证的门道；而《通鉴》正文和胡注涉及的典章制度、史事人物更是研治中国历史必不可少的基础知识。
然而，程应鏐治学并不局限于史料考据促迫烦琐的天地中。五四以来的新思潮促成了他治史方法的另一侧面，即重视理论，推崇会通。他认为：“史料不等于史学，不论他掌握了多少史料，都不能说他是史学家。”“霸业千秋余古迹，议论终须大手笔”，说出了他对史学研究中理论的高度重视。他所强调的史学理论修养，有特定的内涵。首先，要有理论追求的勇气。他曾指出：“迷信神，迷信鬼，迷信领袖，绝不是科学的态度”，还经常引用张载“剖破藩篱是大家”的诗句，来提倡好学深思，不为前人与他人所囿，也不为自己所囿。在他看来，剖破藩篱，解放思想，是提高史学理论修养的前提。其次，对理论的的追求是不应该有止境的。他认为：理论是随着事物的变化发展而逐渐完善的，事物的发展变化永无止境，理论的完善也没有尽期。因此，“认为有一种一成不变的理论，是直接违背马克思主义的”。其三，他所说的史学理论并不仅仅狭隘地局限于历史唯物主义。“传经我爱他山石”，这史学理论的他山之石，包括了人类思想宝库中一切对历史研究有参考价值的理论遗产。他曾向学生推荐过汤因比的《历史研究》、丹纳的《艺术哲学》等名著。“议论终须不傍人”，他在史学研究是这样要求自己的，也总是以有无新见解来评价当代学人与自己学生的史学成果的。
程应鏐自幼养成对中国古典文学的浓厚兴趣至老不衰，青年时代又从事过文学创作。这种爱好、修养与经历，使他在治学方法上特别讲究文字的表达。他相当钦佩和推崇史学名家张荫麟那些“不用引文使人读起来十分有味的历史名篇”。他的史学论著《南北朝史话》、《范仲淹新传》和《司马光新传》等，无不形象生动鲜明，文字清峻雅洁，绝无斧凿的痕迹，却有一种文情并茂、摄人魂魄的魅力，堪称史学和文学相当完美的结合。但鲜为人知的是，为了追求史学著作在表述上的信达雅，他让当时还是初中生的女儿读他《南北朝史话》的稿子，以推敲行文是否通俗生动，而其中《崔浩之死》一节竟先后属稿达11次之多。他招研究生，都必须经过作文考试方得入其门下，文章优劣是录取与否的最重要参数。这种做法在历史专业研究生招生中是别具一格的，其理由正如他说的那样：“不能设想一个文理紊乱的人将来能进行思路清晰、识见敏锐的科学研究。”
总之，程应鏐强调扎实的史料功夫，却不主张仅以罗列史料为能事；推重理论，但也反对游谈无根的空疏之论。他认为：历史研究，无论宏观微观，都应当是具体的。他不止一次指出：研究历史应该从微观搞起，只有把微观搞清楚了，才能准确把握与清晰鸟瞰整个宏观的历史。他认为：宏观理论与微观研究的结合，独断之学与考索之功的结合，卓特的史学成果与生动的文字表达的结合，是可以也应该在一个优秀史家身上完成的。他所推许的剖破藩篱的史学大家，应该在史实史料方面具有广博精深的素养，并能把握历史发展中带有普遍性或关键性的课题，以新的理论和方法，通过精炼优美的文字表述，作出新的概括和总结，从而取得超越前人的卓越成果。
作为长期从事师范教学的历史学家，程应鏐对历史教学和学生培养有自己的见解和特点。他曾经提出一个问题：为什么现在学生对历史课没有兴趣？他以为，学校对历史教学不重视，中学历史教科书编得不好，历史教师缺乏专业训练，等等，都是导致学生不爱上历史课的原因。而高等学校历史系的课程设置、历史教学和研究又直接影响着中学历史教学。因此他特别反对把历史研究与教学简单化，“简单化的结果，就使极其丰富的历史内容，剩下几条筋，无血无肉，干瘪得像瘪三，青少年是不会有兴趣的”。他还反对以一成不变的理论在历史研究和历史教学中贴标签，在他看来，贴标签“是不会有说服力的，就会使得学生以为历史味同嚼蜡”。他主张历史课可以通过讲人物，使学生了解过去。比如讲秦汉，就要讲秦皇、汉武，项羽、刘邦，陈胜、吴广；讲均田制，就要讲文明太后、魏孝文帝；讲改革，就要讲王安石、司马光；讲淝水之战，不能只讲战争性质、双方力量对比，要讲苻坚、苻融、谢安、谢石……通过人物的讲授，使历史课变得津津有味，才能使学生从中获得教益，否则，“要激动青少年的心大概是不可能的”。
程应鏐在大学先后讲授过世界史、中国通史、魏晋南北朝史、宋史、国学概论、中国历史文献学、史学方法论等课程。很多学生说，听他讲课，如同一种艺术享受。他的历史课既有理论上的开掘拓展，又常常在关键处旁征博引，中西比较，信手拈来，适时点化，使学生在豁然会悟、欣然有得中感受其中的深度和广度。他讲课时，感情十分投入，有时激越雄辩，使人奋立；有时深沉低徊，令人感慨；或描摹人物，或引据诗词，高屋建瓴又挥洒自如，把学生带入应接不暇的不同境界。20世纪70年代末，他曾为中文、历史两系讲授中国通史，大梯形教室为之爆满，以致走廊、门厅处都临时加座。他对自己的历史教学的最高要求是：“每上完一节课，就像是写了一首诗，完成了一篇创作。”为了达到这种深度和魅力浑然一体的教学境界，数十年中，他始终要求自己把每堂课要讲的每句话写成讲稿，及至走上讲台却又不带讲稿，其中，需要付出多少创造性的艰苦劳动！他曾深有感触地说：“要上好历史课，最主要的还是学习，比在大学读书时还要学习得认真，为培养人而学，为未来的建设者而学，为那些将来要超过我们的人而学。”这种高度的责任感和不懈的追求，正是他几十年历史教学常讲常新的源泉所在。 自西南联大毕业以后，程应鏐不论处身何种环境，从事什么工作，都始终钟情于史学研究。他被打成右派以后，仍默默进行着学术积累。如此辛勤耕耘20年，才有机会从20世纪70年代末叶起将自己关于魏晋南北朝史的研究成果刊布于世。他的魏晋南北朝史研究，其思维方向、学术观点、研究结论等，在当时都有独到领先之处。
其一，述论魏晋南北朝时期坞壁的性质、特点和历史作用，为深入了解当时人民的生存状况提供了一幅真实的场景图。
坞和壁都是古代军垒之名，但当时的人民，尤其是战乱时期的大部分北方人民，却生活在坞壁里面。对这一现象，陈寅恪、范文澜、唐长孺等学者的论著中都分别提到引证过，或附带论述过。但首先对这种现象进行全面深入论述的，应推程应鏐发表在《上海师范大学学报》1979年第1期上的《四世纪初至五世纪末中国北方坞壁略论》。
从研究社会史的角度看，有关坞壁的记载十分重要，但在现存史料中却分布得非常零散。早在20世纪60年代，程应鏐几乎把当时所能找到的有关坞壁记载都钩辑齐备，然后构思了这一力作。这篇论证坞壁的代表作，有以下几个特色：第一，较完整地勾勒出坞壁在当时中国产生和发展的来龙去脉，可以称得上是一部坞壁简史。第二，对坞壁的各个方面进行全方位的考察，例如坞壁居民的构成以及相互之间的关系，他们的军事属性和生产劳动情况等等，实证了坞壁在相当时期内是北方大多数人民的生存处所，对了解当时社会面貌至关重要。第三，论述了坞壁在当时的作用与地位，不乏精彩独到的见解。例如“坞壁对胡族统治者的斗争，客观上促使了胡族的汉化”；“永嘉乱后，汉族先进的生产事业被坞壁保存下来了。个人常以为对北魏的均田制，从生产方面估计过高，恐怕不合乎事实。《齐民要术》所总结的生产经验，实标志着坞壁生产的水平，而不是均田制制度下生产的水平”等等。他在其他文章中还指出：“永嘉乱后，我国北方最重要的一个力量，是以坞壁为主的地方势力”（《拓跋部汉化过程中问题述论》，载《华东师范大学学报》丛刊《魏晋南北朝史论集》，1986年）；“五胡十六国真正统治地方的是坞壁主”（《农业劳动力与三国两晋南北朝田制的变化关系》，载1995年上海古籍出版社出版的《流金集》）等。这些提法在当时发前人所未发，对后人亦大有启迪，开辟了一条通过前人的生存环境来揭示社会结构的研究路径。
其二，以考实均田制在北魏实施的具体情况，来把握少数民族统治下的胡汉关系。
北魏的均田制历来是史学界引人瞩目而众说纷纭的热点，但一般学者都把注意力放在对制度本身的研究上。程应鏐对均田制的研究则独辟蹊径，把研究方向着重放在与之关联的胡汉关系上。他的研究，透露出对包括土地制度在内的经济体制与民族关系之间的独到洞察力，即经济利益驱导着民族关系发展的趋势，而民族关系最根本的表现形式，就是经济体制中各民族所占的地位。为什么北魏要建立均田制？它究竟在什么时候，在那些地区实行了均田制？均田制与私有土地关系如何？给哪些人带来了好处？它对当时和以后的社会产生了什么影响？等等。对这些问题，程应鏐都用民族政治关系的互动演变来进行解释，从而为理解与阐释当时土地制度提供了一个新视角。他的《论北魏实行均田令的对象与地区》（载巴蜀书社1990年《纪念顾颉刚学术论文集》），通过考据有力证明：第一，“对鲜卑平民，均田令是不适用的”，“肯定北魏在畿内和近畿之地没有实行均田令”，“在中原，为州郡所领的杂户、营户，也没有包括在均田令实施的对象中”；第二，“均田令中并无计口受田之文”，计口受田的对象主要是被迁在平城附近的“新民”，二者并不相同；第三，“均田令是文治的重要内容”，而文治又是主要对汉族而言；第四，“均田令所要解决的矛盾，是北魏朝廷和汉族坞壁主对民户的争夺，看来并不适用于解决鲜卑贵族和平民之间的矛盾”；最后的结论是，“北魏均田令只是在中原实行了的，对于汉族坞壁主、中小地主、自耕农和被清查出来的荫附才适用”。也就是说均田制是民族矛盾发展的结果，它适应北魏拓跋鲜卑政权统治中原汉族人民的需要，也在一定程度上缓解了他们和坞壁主所代表的汉族地主阶级的矛盾，这也表明那时的胡汉关系包涵着多重形式。与此同时，北魏均田制的局限性，通过这篇论文的论证也已一目了然。
从现存有关北魏均田制的史料来看，这一论点完全可以自成一家之说。尽管不能断言北魏均田制的其他说法难以成立，但它们并不见得比程应鏐的论证更有道理。而不同说法并立存在，将更有利于研究接近历史的真相。
其三，通过对劳动者名实关系的探索，对魏晋南北朝社会结构进行全面剖析和新的阐述。
魏晋南北朝是一个大动荡、大分化、大变革的时代，各种社会矛盾交错复杂，人们的社会地位升降不定，诸种身份变化无常，代表着极为复杂的社会构成，决不可简单地归结成诸如统治与被统治、地主与农民之间的所谓两大阶级的矛盾。例如“吏”，历来把它作为官的一种通称，大吏就是大官，故连称为“官吏”。但在魏晋南北朝时期，吏的内涵非常复杂，既有为官之吏，也有当兵之吏，更有被当作劳动力使用的吏，其间高下贵贱贫富的差别可以说千变万化。因此在吏这个称谓之下，究竟在什么时间，什么条件下呈现了不同的身份？其间不同的身份又是如何转化的？当时许多关于身份的称谓，如门生、宾客、部曲、士等等，无不和吏这一称呼的内涵演变有着同样的情况。程应鏐对此产生了莫大的兴趣，认为这是一条了解当时社会结构真相的绝佳途径。于是他与时任中国社科院历史研究所副所长的同窗好友熊德基共同倡导这方面的研究，他自己先后写了《释干》、《释吏》、《释新民》等一系列文章，在《中华文史论丛》上陆续发表，作为对魏晋南北朝时期种类繁多的劳动者进行个案研究的切入点。
“新民”是北魏政治影响下所产生的一种特殊身份，它是北魏统治者将各地被征服者迁徙到平城来进行农业生产的定居者。由于它关系着对北魏民族关系和土地制度的讨论，程应鏐早就将它纳入了自己的视野，在其他文章中屡有提及。《释新民》全面归纳了他对这一历史现象的看法。文章认为，新民实质上是一种特殊的农奴，“当与隶户、营户、僧祗户相等，是需要封建国家明令放免才能成为平民的，不可能和编户齐民相同。所谓‘计口授田'，给耕牛和农具，只不过是被束缚在土地上从事生产劳动，为拓跋国家提供租赋而已”。毫无疑问，在与此相关的研究中，这一观点也是卓尔不群的。
作为一个历史学家，其任务不仅在于通过自己的研究来揭示历史的真相，而且要尽其可能地让历史的真相使更多的人知道，惟有如此，才能使史学发挥更大的作用。因此，一个有社会责任心和历史使命感的史学家，一定会努力使自己的论著简明畅晓，也一定会努力撰写史学通俗读物。程应鏐的《南北朝史话》，就是一个成功的样板。
《南北朝史话》初稿完成于1964年，由于政治原因，直到1979年才得以出版。但15年的拖延，并未使其丧失在知识领域中的前沿性。这本书的特点是，第一，囊括了南北朝时期政治、经济、军事、文化诸方面的大事要点，无一遗漏，可以说是一部较全面叙述当时历史的通俗简史。第二，文笔简练明快，生动流畅。例如叙述南齐一朝的兴亡，前后不足二千字，却把齐朝兴衰契机、政治特点和历史地位等等，交代得一清二楚，同时还把齐高帝萧道成、齐明帝萧鸾等事迹与心态描绘得栩栩如生。整部书仅12万字，引人入胜，可以一口气读完。第三，字里行间充满着历史的智慧。这种智慧既有来自前人的，也有来自作者本人的。例如谈到梁朝的连坐法不起作用时说：“严酷的刑罚，阻止不了求生的斗争”。又如提到那一时期宗教时，指出“现实的斗争却使宗教分为‘邪'‘正'。‘邪教'一词实际上是统治阶级对于农民反抗思想的诅咒。‘邪'‘正'的对立，使道教在南北朝被重新改造”，等等。这些真知灼见随着史实的描述，潜移默化地印入读者的脑海，使人在了解历史的同时，享受了智慧的熏陶。第四，作者在叙述过程中，笔触里充满着强烈的爱憎和情感，对真善美的颂扬和对丑恶卑劣行为的鞭挞，在全书的字里行间到处都流露了出来。这种来自正义感和历史道德观的深情，使原本冷冰冰的史实能变成一团唤醒良知、驱人向善的烈火。
《南北朝史话》一问世，即誉满京华，获得了有关专家的交口称誉，周一良推许为每一句话都是言之有据的。该书尽管一印再印，仍然经常脱销，还先后荣获过全国优秀图书奖和全国优秀青年读物奖，成为当时历史通俗读物的一个范本。
