我国农村信用社的改革现状呈现出多元化的发展模式。在产权制度上，根据不同地区的经济水平和信用社具体情况，有股份制商业银行模式、合作银行模式以及继续保留原有体制的地区。股份制商业银行主要在经济发达的地区，合作银行模式适用于人口密集或农业基地县，而部分地区则维持原有的体制。省级联社的组建是管理模式上的普遍选择，但产权模糊和行政干预问题较为突出。
当前，农村信用社面临的主要问题包括：混合产权模式导致政府主导，产权界定不清，存在“官办”倾向；管理模式过于行政化，信用社对上级联社而非股东和社员负责，降低了农民参与的积极性；股权设置上的“非农”问题，挤压了农民股民权益，偏离了支农惠农的核心目标。在资本充足率和不良贷款方面，信用社虽然有所改善，但仍存在资本不足和不良贷款率高的问题。
负债结构上，农民是主要储蓄者，但存款流动性和上存制度限制了信用社的放贷能力。盈利方面，信用社受到历史包袱和行业竞争影响，盈利能力较低。内部治理结构上，虽然建立了“三会”制度，但实际运作中存在虚设和行政命令主导的问题，省级联社控制与法人产权治理存在矛盾。此外，管理水平和效率不高，员工素质和机构设置有待提升。
监管方面，早期由央行和供销社共同监管，后来由农业银行接手，但仍存在监管不足和沟通不畅的问题。省级联社的监管权责划分不清，需要建立全国性信用社监管机构以加强监管。同时，“三会”制度在监管体系中的作用被忽视，内部监事会的监督功能亟待加强。
农村信用社改革主要是两方面：一是改革农信社管理体制，将农信社的管理交由地方省级政府负责；二是以法人为单位改革农信社产权制度，明晰产权关系，扩大入股范围，提高入股额度，产权形式可采取股份制、股份合作制和合作制三种形式，组织形式可采取农村股份制商业银行、农村合作银行、以县（市、区）为单位统一法人和两级法人等模式。