根据《中共云南省委办公厅云南省人民政府办公厅关于印发〈云南省人民政府机构改革实施意见〉的通知（云厅字[2009]2号），设立云南省环境保护厅，为云南省人民政府组成部门，正厅级。
一、职责调整
（一）取消已由云南省人民政府公布取消的行政审批事项。
（二）划入原云南省环境保护局的职责。
（三）加强环境政策、规划和重大问题的统筹协调职责；加强环境治理和生态保护的指导、协调、监督职责；加强污染防治、落实减排目标和环境监管的职责。
二、主要职责
（一）负责建立健全环境保护基本制度。拟定环境保护政策、规划并组织实施，组织编制环境功能区划，拟定重点区域、流域污染防治规划和城乡饮用水源地环境保护规划并监督实施。
（二）负责重大环境问题的统筹协调和监督管理。牵头协调重大环境污染事故和生态破坏事件的调查处理，指导、协调重大突发环境事件的应急、预警工作，协调解决有关跨区域环境污染纠纷。
（三）承担落实减排目标的责任。监督实施主要污染物排放总量控制和排污许可证制度，负责督查、督办、核查各地污染物减排任务完成情况，组织实施环境保护目标责任制和总量减排考核工作。
（四）负责提出环境保护领域固定资产投资规模和方向的建议，负责编制环境保护专项资金安排计划，配合有关部门做好组织实施、监督工作。会同有关部门编制环境保护基础设施建设计划，配合有关部门做好重点环境保护基础设施建设项目的前期工作。
（五）承担从源头上预防、控制环境污染和环境破坏的责任。受云南省人民政府委托，对重大经济和技术政策、发展规划、开发计划进行环境影响评价，对涉及环境保护的地方性法规草案、规章及规范性文件提出有关环境影响方面的意见，组织对省级有关规划环境影响评价进行审查，按照规定审批建设项目环境影响评价文件。
（六）负责环境污染防治的监督管理。监督管理大气、水体、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、危险废物、有毒化学品、持久性有机污染物、机动车尾气等污染防治工作。组织开展环境保护执法检查，对污染治理设施的运转管理情况实施监督。会同有关部门监督管理饮用水水源地环境保护工作，组织指导城镇和农村的环境综合整治工作。
（七）指导、协调、监督生态保护工作。拟订生态保护规划，组织评估生态环境质量状况，监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作。提出国家级和省级自然保护区新建和调整的审批建议，指导、协调、监督各类自然保护区、风景名胜区、森林公园的环境保护工作，协调和监督野生动植物保护、湿地环境保护、石漠化防治工作。协调指导农村生态环境保护，监督生物技术环境安全，组织协调生物多样性保护和生物物种资源保护工作。
（八）负责核安全、辐射安全、放射性废物的监督管理。拟订有关政策、规划、地方标准并组织实施。参与核事故应急处理，负责辐射环境事故应急处理工作。监督管理核设施安全、放射源安全和电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治。对核材料的管制和民用核安全设备设施实施监督管理。
（九）负责省九大高原湖泊水污染综合防治领导小组办公室日常工作，协调和指导领导小组成员单位相关工作。负责监督、协调和指导九湖流域、重点流域水污染防治工作。组织指导编制九湖和重点流域水污染综合防治规划。组织拟定九湖和重点流域水污染综合防治政府目标责任书并监督执行。组织九湖和重点流域水体水质规范性环境监测，统一发布水质状况及防治情况公告。负责对九湖水污染防治实行统一监督管理。
（十）负责环境统计、监测和信息发布工作。制定环境监测制度和规范并组织实施。组织建设和管理环境监测网和环境信息网。组织实施环境质量监测和污染源监督性监测，组织对环境质量状况进行调查评估、预测预警，组织编制环境质量报告书，统一发布环境综合性报告和重大环境信息，定期发布重点城市和流域环境质量状况。
（十一）组织环境保护科技发展、重大科学研究和技术工程示范，推动环境技术管理体系建设。指导和推动循环经济和环境保护产业发展。
（十二）负责环境保护对外合作交流，组织开展环境保护对外合作与交流工作，组织协调环境保护国际条约的履约工作，参与处理涉外的环境保护事务。
（十三）负责指导和协调环境保护宣传教育工作。制定并组织实施环境保护宣传教育方案，开展生态文明建设的有关宣传教育工作，指导绿色创建工作，推动社会公众和非政府组织参与环境保护。
（十四）承办省政府交办的其他事项。
