1948年6月新中国成立前夕，中共东北局决定：东北大学与吉林大学合并，保留东北大学校名。学校委派王迪光同志任系副主任，筹建体育卫生系，隶属于学校第一部自然科学部管理，学校设在吉林市八百垄原长白师范学院校址，1948年10月第一批青年学生共16人入学。体育卫生系创建初期，共有专业教师5人：王迪光、鞠兴绶、谢迪光、徐绍周、于溪春。1949年2月28日，中共东北局大学委员会、东北行政委员会教育部发布《对于在此年东北各校学生处理办法的规定》将沈阳东北大学、吉林的长白师范学院和长春大学的学生及教职员全部编入东北大学，分配到体育卫生系。教师有：杨钟秀、刘长春、苑廷瑞、庞英、祝乃贵、高英夫、吴士梁和钱世俊等，原有各学校学生根据学籍编入各班级学习，随后东北大学又聘请原中央大学体育系工作的杨纯福、程登科和康绍远3位老师来系任教，教师队伍逐渐壮大，教学质量不断提升，学生除了本科学制外增设了专修科和干训班等学制。1949年8月体育卫生系随东北大学迁址长春，校址设在长春市斯大林大街。
建院(系)50多年来曾经有程登科刘长春、王迪光、杨钟秀、苑廷瑞、杨瑞雪、杨纯福、章祖俞、祝乃贵、高英夫、康绍远、何以龙、凌志庸、戚国光、程国庆、林笑峰等几十位在国内有享有盛名的教授执教，其中历年获国家政府特殊津贴的有7人。全国著名的专家杨钟秀教授、程国庆教授、林笑峰教授曾担任过国务院学位委员会学科评议组成员，著名团体操专家杨瑞雪教授曾任全国政协委员。培养了一批高水平的科研专家、学者，以及国家优秀运动员、教练员以及体育管理人才。
1950年3月28日东北人民政府教育部发布命令：自4月1日起将原东北大学改为东北师范大学，东北大学体育卫生系改为东北师范大学体育系。新中国成立后的1950年，东北师范大学体育系第一届有本科11人，专科12人毕业，成为新中国第一所培养人民体育教师的摇篮。王迪光成为新中国第一所培养体育人才摇篮的创建人。1953年，杨钟秀随中华人民共和国教育代表团出访苏联，带回前苏联的体育理论中体育概论、体育建筑设计、田径、体操、排球、篮球等教材，由章祖俞等年轻教师译成中文，并翻译了大量体育专题性研究论文，其编译的教材和论文成为当时体育训练与教学的通用教材。如孙长林编写的《体育教学法》（1953年）、王迪光编写的《体育概论》（1952年）、苑廷瑞编写的《篮球》（1955年）、康绍远同志编写的《武术》（1955年）和《举重讲义》（1955年）等。1953年秋，东北师范大学建成了处于国内领先地位的E字形体育综合馆，由篮球、排球、武术、体操、乒乓球等7个馆组成。1954年又建成了标准的400米田径场，极大促进了教学质量的提升，为东北师范大学体育系发展与腾飞，为培养更多更好的优秀体育人才奠定了坚实的物质基础。
