主要区别如下：
1、地位不同。国务院下属组成部门和直属单位，直属单位的地位略低于组成部门。地方各级政府下属工作部门与直属单位，与国务院的组成部门与直属单位基本上存在对应的关系。
2、人事任命方式不同。国务院直属机构指的是各总局、总署，国务院有权根据需要自行决定这些部门的设立及其首长人事任免事务等事项，而无需经过人大及其常委会。这些部门不是国务院的组成部门，因此它们的的行政首长，除有特别需要时，不能参加国务院会议。这些部门中，带“总”字的部门的首长为正部级，其余为副部级。
3、管理方式不同。政府部门管理机构，即部委管理的国家局，是由于有些事务需以国家名义行使，但有无必要设立直属机构，如：国家烟草管理局、国家林业局（农业部管辖）、国家粮食局等，因此挂靠在某些部委下，但仍保留其国家名称。这些部门通过的行政命令不但需要成交国务院办公会或国务院常务会议审议批准，还应事先交由管辖的部委首长审议批准。
扩展资料
国务院组成部门(25个)
中华人民共和国外交部
中华人民共和国国防部
中华人民共和国国家发展和改革委员会
中华人民共和国教育部
中华人民共和国科学技术部
中华人民共和国工业和信息化部
中华人民共和国国家民族事务委员会
中华人民共和国公安部
中华人民共和国国家安全部
* 中华人民共和国监察部
中华人民共和国民政部
中华人民共和国司法部
中华人民共和国财政部
中华人民共和国人力资源和社会保障部
中华人民共和国国土资源部
中华人民共和国环境保护部
中华人民共和国住房和城乡建设部
中华人民共和国交通运输部
中华人民共和国水利部
中华人民共和国农业部
中华人民共和国商务部
中华人民共和国文化部
国家卫生和计划生育委员会
中国人民银行
中华人民共和国审计署
（* 监察部与中共中央纪律检查委员会机关合署办公，机构列入国务院序列，编制列入中共中央直属机构。）
参考资料来源：百度百科：政府机构