根据上述职责，市食品药品监督管理局设9个内设机构。
（一）办公室。负责机关日常政务的综合协调工作；负责行政督办、绩效管理工作；负责文电处理、综合性文件的草拟工作；负责档案、机要保密、宣传、统计、信访和对外交流等工作；负责应急管理的组织协调；负责局机关政府采购、项目招标和固定资产管理工作；负责局系统电子政务和信息化建设、安全保卫、计划生育、综合治理工作；负责局机关后勤保障工作。
（二）政策法规处。负责起草相关地方性法规和规章，监督药品、医疗器械和餐饮服务环节食品安全、保健食品、化妆品监管法律、法规、规章的执行情况；负责有关行政复议、行政应诉、听证工作；负责法制宣传、普法教育；负责内部规范性文件审核工作；负责人大代表议案、建议和政协委员提案办理工作。
（三）食品化妆品监管处。负责保健食品、化妆品及餐饮服务环节食品安全监管工作；监督检查相关法律、法规、规章的执行情况；监督实施保健食品、化妆品质量管理规范及餐饮服务环节食品安全标准和管理规范；拟订相关监督抽验计划并组织实施；依法处置保健食品、化妆品及餐饮服务环节食品安全突发事件；组织全市重大活动的餐饮服务环节食品安全保障工作。
（四）医疗器械监管处。负责医疗器械生产、经营、使用的监管工作，监督检查有关法律、法规、规章的执行情况；监督实施医疗器械法定标准、产品分类管理和生产、经营质量管理规范；组织开展医疗器械不良事件监测工作。
（五）药品安全监管处。负责药品（含直接接触药品的包装材料和容器）生产和医疗机构制剂配制环节的监管工作，监督检查药品生产环节法律、法规、规章的执行情况；监督实施国家药品标准、中药材生产、药品生产、医疗机构制剂配制质量管理规范；监督实施国家基本药物制度和生产环节药品分类管理制度；组织开展药品不良反应监测工作；依法开展药品生产、经营环节麻醉药品、精神药品、医疗用毒性药品、药品类易制毒化学品、兴奋剂类药品及其他特殊管理药品的监管工作；负责第二类精神药品（零售）许可和麻醉药品、第一类精神药品购用证明核发工作。
（六）药品流通监管处。负责药品经营和使用环节监管工作，监督检查相关药品监管的法律、法规、规章的执行情况；监督实施国家基本药物制度、药品分类管理制度和药品经营质量管理规范；依法办理药品零售企业《药品经营许可证》核发工作；组织开展药品广告监测工作。
（七）编制人事处（离退休干部工作处）。负责局机关和直属单位机构编制和人事管理工作；负责干部的考核、选拔、调配、任免、奖惩工作；制定干部培训计划并组织实施；负责本单位出国人员的政审工作；负责机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。
（八）规划财务处。负责局系统项目资金申报；负责落实规划项目的实施；负责组织编报和实施财务收支、预决算；制定并实施财务管理制度；负责财务检查和内部审计工作；参与固定资产的管理；负责局机关日常财务工作。
（九）机关党委。负责局机关及直属单位的党群工作。
