序列比对(Sequence Alignment)是通过在序列中搜索--系列单个性状或性状模式来比较2个(双序列比对)或更多( 多重序列比对)序列的方法
按比对序列条数分类
双序列比对:两条序列的比对
多序列比对:三条或以上序列的比对
1.相似的序列可能具有相似的功能与结构
2.发现一个基因或蛋白哪些区域容易发生突变，哪些位点突变后对功能没有影响
3.发现生物进化方面的信息
空位为了获得两个序列最佳比对，必须使用空位和空位罚分
空位罚分分类:
空位开放罚分(Gap opening penalty)
空位扩展罚分(Gap extension penalty)
最优的序列比对通常具有以下两下特征:
尽可能多的匹配
尽可能少的空位
插入任意多的空位会产生较高的分数，但找到的并不一定是真正相似序列
Wx=g+r(x-1)
Wx:空位总计分
g: 空位开放罚分（Gap Opening Penalty）
r: 空位扩展罚分（Gap Extension Penalty）
x: 空位长度
默认gap开头罚分高，gap延长罚分低，这样得出的结果gap很集中，有很多长串出现的gap，这可以比对两条很相似的序列–同源序列；相反，如果gap开头罚分少，gap延长罚分高，比对结果gap就比较分散，极少出现连续长串的gap（可以想象其中的原因，总是要保证得分高），这可以比对两条绝大部分序列都很相似，但其中一条的一个功能区在另一条序列中是缺失的两条序列，可以找出这个功能区。