「功能性便秘」是许多现代人常有的生活习惯病，尤其以女性比例较高。所谓「功能性便秘」是指在没有特定疾病下引起之便秘。原因多半不明，可能与本身肠道蠕动缓慢、压力过大、不良之生活作息（如无法养成固定时间排便的习惯）、饮食习惯不良（如膳食纤维摄取不足、液体摄取较少等）、药物干扰等多重原因都可能影响。一般来说，便秘并没有特定单一的定义及规范，但国际上普遍都以罗马式诊断法（Rome III criteria）做为参考准则，如以下五点：
在过去三个月内，若有超过以下两个症状时，即可认定是「功能性便秘」。
1.排便有如弹丸状之硬结。
2.排便过程非常费力。
3.感到排便不完整、断断续续或有阻塞感。
4.排便时需要手指辅助。
5.排便频率每周少于三次。
短期内（2周至1个月）补充益生菌，可能有助于改变肠道的生理环境，如缩短消化后食糜的「肠道通过时间」，增加排便的机会，因此被认为是改善排便障碍的可能机制。但长期而言，成效仍不明确，目前尚未有充分的研究证明可行性。以此推论，排便不顺时，补充「益生菌」只能视为一种「暂时性」的辅助方法。
「益生菌要吃多久、吃多少量，才有改善便秘的效果？」透过科学研究的回顾，只能很遗憾的说，因为每篇研究都使用不同的菌株，故难以断定一致性的答案。不过，部分研究显示，每天补充并且持续2周，即能观察到改善现象。因人体肠道细胞每天都不断脱落与增生，所以为了让益生菌能稳定栖息于肠道，比较务实的方法是「持续性」补充益生菌。