重庆市民族宗教事务委员会设有九个关键内设机构，分别为：
办公室
负责机关的日常运营，包括文电处理、会议安排、机要事务、档案管理等。它协调日常事务，处理信息、统计、安全、保密、信访、政务公开、接待工作，以及综合协调行政后勤和年度目标考核。此外，还组织民族自治地方庆祝活动和民族、宗教参观考察团的接待。
政策法规处
研究民族、宗教理论和政策，制定地方法规，监督法规执行情况，指导民族区域自治法的落实，并处理涉及民族关系和宗教关系的突发事件。此外，他们还负责法律事务和相关文献政策汇编的收集与编撰。
民族事务处（清真食品管理办公室）
主要负责民族关系研究，提出协调建议，处理与少数民族风俗习惯相关的管理工作，包括民族识别、表彰民族团结进步，以及外国人变更民族成份等工作。
经济发展处
研究少数民族地区经济，提出政策建议，协调相关工作，制定专项规划并监督实施，参与发展规划制定，负责统计分析和扶贫工作，协助民族贸易和民族专项资金管理。
文化宣传处
关注教育、科技、文化等领域，协调相关事宜，负责少数民族语言文字工作，指导古籍搜集出版和文物保护，组织宗教政策宣传教育，负责对外交流与合作。
宗教一处
负责佛教、道教、伊斯兰教事务，指导宗教团体工作，培养宗教教职人员，处理宗教关系，抵御境外宗教渗透。
宗教二处
处理天主教、基督教事务，指导宗教团体，抵御境外宗教渗透。
宗教三处（外事处）
负责其他宗教事务，管理宗教院校，参与抵御宗教渗透，负责宗教对外工作和邪教防范。
人事处
负责少数民族干部的培养、人事管理工作，以及离退休人员的管理。
机关党委
负责机关和下属单位的党群工作。