1879年（光绪五年）9月14日（公历10月28日）生于浙江镇海澥浦余严村。
1884年（光绪十年）六岁 春，入塾读书。
1901年（光绪27年）23岁 就读南浔浔溪公学。时校长为杜亚泉，名誉校长为蔡元培。
1903年（光绪29年）25岁 至上海任澄衷学堂教员。
1904年（光绪30年）26岁 主办镇北贵驷桥宝善学堂。
1905年（光绪31年）27岁 由镇海鲲池书院公费派赴日本留学。
1908年（光绪34年）30岁 入大阪医科大学预科习医。成普通物理学讲义。由上海文明书局出版。
1910年（宣统二年）32岁 课余撰成物理学教科书。仍交上海文明书局出版。
1911年（宣统三年）33岁 10月，武汉革命军事起。11月，乃随留日医学生组织之赤十字社归国作救护工作，先至上海，旋即随革命军入南京。12月，受豫晋秦陇红十字会之托，赴陕西，做救护工作。
1912年（中华民国元年）34岁 七月，任北京师范学校学监。
1913年（中华民国二年）35岁 春，再赴日本大阪医大继续求学。
1916年（中华民国五年）38岁 夏，大阪医科卒业。七月，归国任公立上海医院医务长。
1917年（中华民国六年）39岁 灵素商兑出版。冬，辞公立上海医院医务长职。
1918年（中华民国七年）40岁 在上海开业。同时任上海商务印书馆编辑。
1925年（中华民国14年）47岁 八月，被任中日文化事业委员会上海分会委员。10月，赴日本，出席远东热带病学会。在大会上演讲《中国结核病历史的研究》，指出瘰疬与肺痨同原之说，唐时崔氏别录已有明确记载，早于欧洲林匿克氏者1，200余年。11月，组织上海市医师公会，被推为第一任会长。
1926年（中华民国15年）48岁 11月，任南京中央卫生委员委员。
1927年（中华民国16年）49岁 二月，出席中央卫生委员会会议，在会上提出二项建议：（1）急须设法增加全国医师人数以利卫生行政之进展案。（2）废止旧医以扫除医事卫生之障碍案。
1928年（中华民国17年）50岁 二月，创办社会医报，并自任为主任。三月，任大学院译名统一委员会委员，及医学校学制与课程编制委员会委员。四月，任大学院审查科学图书委员会委员。八月，任内政部卫生专业委员会委员。11月，搜罗历年所作有关医学文字，编为余氏医述，后改名为医学革命论集。]
1929年（中华民国18年）51岁，在汪精卫支持下，提出“废医存药”废止中医案。
1931年（中华民国20年）53岁 著皇汉医学批评，先后在社会医保按期发表，至此，作单刊本出版。
1932年（中华民国21年）54岁 任东南医学院校董会校董，兼任校董主席。
1933年（中华民国22年）55岁 七月，余氏医述二集编成。
1934年（中华民国23年）56岁 三月，任教育部医学教育委员会顾问。任中华医学杂志编辑主任。方言病诂（后易名方言病疏）脱稿。
1940年（中华民国29年）62岁 11月1日尔雅病诂（后易尔雅病疏）脱稿。
1941年（中华民国30年）63岁 12月15日，说文解字病诂（后易名说文解字病疏）脱稿。
1942年（中华民国31年）64岁 2月9日，广雅病疏脱稿。
1943年（中华民国32年）65岁 二月，十三经病疏脱稿。
1944年（中华民国33年）66岁 秋，任中国医药研究所所长。
1947年（中华民国36年）69岁 一月初着手作《古代疾病名候疏义索引》。
1948年（中华民国37年）70岁 医史杂志出刊先生七十岁生日纪念论文专号。
1949年 71岁 全国解放。10月1日中华人民共和国成立。先生益努力阅读马列一类之书。从无线电广播中学习俄文。
1950年 72岁 五月，任全国第一届卫生会议筹备委员会华东分会委员。先生被聘为全国第一届卫生会议特邀代表。
1951年 73岁 任华东医务生活期刊编辑委员会。上海市人民政府文化教育委员会委员。上海市土产交流大会筹备委员会中医专门委员会专门委员。中央人民政府卫生部教材编审委员会委员。上海市各界人民代表会议协商委员会委员。中央卫生部中华人民共和国药典编纂委员会特邀委员。中华自然科学专门会联合会委员。上海市科学普及协会委员。上海市人民政府卫生局中医进修委员会委员。中华医学会理事。
1952年 74岁 任上海市卫生局成药审查委员会。上海市国医训练所学术讲座讲师。
1953年 75岁 一月一日，任上海市新成区第四联合诊所所长。9月30日病。
1954年 76岁 一月三日（农历11月29日）晨9时35分，病逝同济医院。享年75岁。遗命将遗体交医学院作病理解剖。六日上午奠祭，下午火葬
