广州开发区坚持按国际惯例办事，与世界市场接轨，努力建立与外向型经济发展相适应的新型管理体制，始终如一地坚持“管理就是服务”的理念，寓管理、监督于服务之中。
按照外向型经济发展和社会主义市场经济的要求，广州开发区推进了政府机构改革，不断转变政府职能，改进管理方式。进入20世纪90年代以来，广州开发区先后进行了两次机构改革，1993年，按照“党政职能有机结合，专业管理到位，综合协调到局”的思路，对两委机构进行改革，使人员编制精简34.5%，机构精简60%，并设立了40个中介机构，构成较完整的服务管理监督体系。1998年，广州开发区党委、管委会机关共设八个部、局、办；到2001年，管委会机关又顺利完成了机关及群团机构改革，机构精简23%，人员编制精简31.8%。通过实施政府机构改革，初步形成了“小政府，大中介”的管理格局。1998年以来，通过广州开发区、广州高新区、广州保税区、广州出口加工区合署办公，构筑了“四区合一”的管理体制，精简了机构，提高了机关运作效率。
此外，广州开发区还对项目引进、企业筹建等管理、服务体制进行改革，逐步完善了招商引资和投资服务体系。1997～2000年间，广州开发区每年开展一次“我与投资环境”的宣传教育整改活动，大力倡导“为投资者服务、为企业服务、为群众服务”，不断强化干部职工的服务意识。推行优质服务承诺制和黄牌警告制度，加强监督。为提高投资服务的效率和质量，先后成立了企业筹建办公室和“一站式”投资服务中心，建立了“三会”制度，即企业筹建现场办公会、企业筹建现场协调会、企业筹建指导会，精简办事程序，提高办事效率，促进企业筹建提速。
广州开发区一直坚持“立法先行、依法治区”的原则，致力于营造良好的法制环境，全区经济社会运行逐步走上规范化、法制化轨道，外商投资的合法权益得到充分的保障和保护。在严格遵守国家有关法律法规的同时，还依据《广州经济技术开发区条例》，结合实际，根据不同时期社会、经济管理和涉外经济工作的要求，出台了100多项涉及规划建设、招商引资、企业筹建、科技发展、土地使用、劳动保险等方面的规章制度，完善了较为系统的与经济建设和社会发展相适应的规章制度体系。同时，为适应法制管理的要求，成立了公安分局、检察院和法院，逐步加强公、检、法机关和队伍建设。在行政执法监督工作方面，指导、督促行政执法部门进一步建立健全行政执法责任制和过错追究制，围绕征地、拆迁、处置闲置土地以及城市管理综合执法等工作，跟踪、监督各部门的行政行为，尤其是行政处罚行为，通过建章立制、整顿队伍和参与具体的执法活动，提高执法人员的法治意识和执法水平。积极开展了普法工作，顺利完成了“二五”、“三五”普法任务，多次被评为广东省、广州市的普法先进单位。与此同时，广州开发区注重在法制环境下逐步完善社会主义市场经济体系，加强了对建筑市场和各类要素市场、产品市场的管理和建设，市场秩序得到整顿，市场运行逐步规范。
