解放前，海门大多为私人医院，条件十分简陋，也没有统一领导。1949年6月25日海门解放，建立了台州专员公署直属海门区。当时在地下党员孙仲琦同志的领导下，成立了医务协会。后由内科医师孙仲琦和眼科医师潘醒等共同发起筹建联合医院，先以平安妇女医院 为基础，吸收其他医师成立了海门妇产科联合医院。1951年7月在此基础上，进一步扩大，集中了当时13家私营诊所的医师，报请海门直属区人民政府批准，成立了一个走集体化道路的综合性医疗机构——海门联合医院。
1952年7月15日，正式成立“台州专署直属海门区人民政府卫生院”。此即今我院前身。
当时，全院职工28人，床位15张，医疗用房约300m2。1954年5月，行政区划变更，台州专区撤消，海门区划属温州专区管辖，故医院名为“温州专署直属海门区人民政府卫生院”。时年，全院床位数35张，职工30人。
1956年3月，恢复台州地区，撤消直属区建制，海门划为黄岩县辖区，院名改称“黄岩县海门人民医院”。同年10月，医院改名为“黄岩县第二人民医院”。当时全院职工40人，床位45张。
1980年7月7日，建立台州行政公署海门特区，医院遂改名“海门特区人民医院”。当时全院职工162人，床位180张。
1981年7月21日，国务院批准海门特区改设椒江市，院更名为“椒江市人民医院”。当时全院职工230人，床位190张。
1994年8月，台州撤地设市，医院易名为“台州市椒江区人民医院”。当时全院职工483人，床位318 张。
2001年8月1日，医院更名为“台州市立医院”。
现医院占地43亩，建筑面积4.5万m2，院内医疗用房1.8万m2，职工633人，卫技人员540人，高级职称者64人，中级157人，床位452张，设13个病区，18个专科。2001年9月9日，医院加盟台州医院联合体，12月19日，与复旦大学附属上海华山医院合作建立台州分院。
2004年12月27日，经市区二级政府及台州学院批准正式成为台州学院医学院附属市立医院。
