东莞市中级人民法院的内设机构根据职责分工，主要分为政治处（副处级）和15个部门，各司其职，确保法院工作的高效运行。
（一）办公室
负责协助领导组织协调政务，包括重要会议和活动的组织，与代表及督导员的联络工作。职责涵盖文秘、档案管理、财务、行政管理、密码管理以及基本建设等。
（二）立案庭
负责案件的立案和审判流程管理，审查申诉和再审申请，处理财产保全和诉讼费事宜，接待人民群众的司法救助。
（三）刑事审判庭
分为第一庭和第二庭，分别审理普通刑事、经济犯罪及少年犯罪案件，包括涉外案件，对法律修改提出意见。
（四）民事审判庭
第一庭处理婚姻家庭、劳动争议等案件，第二庭审理法人合同纠纷、侵权纠纷等，第三庭处理涉外民商事纠纷，第四庭则负责知识产权案件。
（五）行政审判庭
负责行政案件和行政赔偿，审查执行申请，处理申诉和抗诉案件。
（六）审判监督庭
负责审查和处理申诉、抗诉案件，指导基层法院审判监督工作，负责国家赔偿确认。
（七）执行局
执行生效判决，协调本市与其他地区执行工作，指导基层法院执行。
其他部门如书记员室负责文书送达、档案管理，研究室负责信息调研和政策研究，纪检监察室负责纪检监察工作，机关党委办公室负责党建工作，政治处则负责人员队伍建设和人事管理。