两所学校各有各的特点，评价好与不好是和个人的观点和角度不同的，下面介绍一下二者的主要区别：
一、学校历史不同
1、同济大学
同济大学前身是1907年德国医生埃里希·宝隆在上海创办的德文医学堂，1908年改名同济德文医学堂，1912年与创办不久的同济德文工学堂合称同济德文医工学堂，1923年正式定名同济大学，1927年成为国立同济大学，是中国最早的七所国立大学之一。
2、中山大学
1924年，孙中山先生亲手将广州地区多所高校整合创立国立广东大学。学校于1926年定名为国立中山大学。今日的中山大学，由1952年院系调整后分设的中山大学和中山医科大学于2001年10月合并而成。
二、学校规模不同
1、同济大学
截至2020年，学校设有29个专业学院，4个校区占地3810亩，总建筑面积181余万平方米。有全日制本科生18115人，硕士研究生12105人，博士研究生5766人。
2、中山大学
截至2020年，中山大学由广州校区、珠海校区、深圳校区三个校区、五个校园及十家附属医院组成，有全日制学生53789人，专任教师4028人。
三、院系设置不同
1、同济大学
同济大学医学院、同济大学口腔医学院、同济大学生命科学与技术学院、、同济大学海洋与地球科学学院、同济大学航空航天与力学学院、同济大学数学科学学院、同济大学物理科学与工程学院等29个专业学院。
2、中山大学
广州校区有35个学院（系、部），珠海校区有18个学院（系），深圳校区有10个学院。
四、学校特色不同
1、同济大学
国家世界一流大学建设高校 、985工程 、211工程 、教育部直属全国重点大学。
2、中山大学
双一流（世界一流大学建设高校A类）、211工程、985工程、全国重点大学、珠峰计划。
同济大学的学科建设
截至2020年3月，学校有博士后科研流动站30个，博士一级学科学位授权点33个，博士专业学位授权点9个，硕士一级学科学位授权点45个，硕士专业学位授权点26个。学科设置涵盖工学、理学、医学、管理学、经济学、哲学、文学、法学、教育学、艺术学等10个门类。
其中，7个学科入选世界一流建设学科，17个学科入选上海市高校一流学科，8个学科入选上海市高峰学科。12个一级学科在全国高校学科水平排名进入前2%或A类。
以上内容参考：百度百科-同济大学
以上内容参考：百度百科-中山大学