学校现有区教育教学特色项目三个，分别是桥牌（科技）、鼓乐（艺术）、足球。特色班管理严格，教师敬业爱生、业务精湛、学生学风正、成绩良好。初高中统一安排师资、管理、训练和比赛，每年为南洋中学等优质高中输送大批优秀特色人才，已成为这些示范性高中的特色生源地。
科技—桥牌特色
该校科技—桥牌、鼓乐、足球、艺术体操训练作为课程，在全市率先排进课表、深入课堂。学生在桥牌课的学习、训练以及竞赛中，注意、观察、敏捷思维、综合判断、快速反应、密切配合等多种能力得到培养。学校成立了全国唯一的面向青少年学生的中国桥牌协会B类俱乐部，目前正被批准筹备成立中国中学生体育协会桥牌分会，上海市中学生体育协会桥牌专业委员会。近几年来已为国家培养了20位全国最年轻的桥牌大师，桥牌队在全国、市桥牌比赛中多次获得优异成绩。
艺术—鼓乐特色
鼓号队作为该校素质教育中的另一支奇葩，不断与时俱进，用科学管理和悉心教育，使从来没有学过乐器的学生，经过一年的学习，就能参加演出。近几年来，该校鼓乐队多次在市区重大活动中展示风采，多次在大型比赛中获奖：2003年国庆期间该校鼓乐队在全国少先队第二届鼓乐比赛中获得优秀奖，并被评为中国少年先锋队鼓乐团一级分团；在2006年“铿锵锣鼓迎奥运、迎世博”上海市中小学校园鼓乐迎宾礼仪队伍展示活动中获特等奖；参加了在2003年在机场欢送航天英雄杨利伟，2008年上海市迎奥运活动中亦有展露风采。“迎世博礼仪操”一举夺得2009年上海市学生阳光体育大联赛创意一等奖和原创奖两个奖项；应邀参加2010年上海市第十四届运动会开幕式表演；2011年参加上海市庆祝第27个教师节大会演出；2014年6月1日应邀参加上海市第七次少先队代表大会。
足球特色
近年来该校足球队的训练水平和文化学习均成绩斐然：相继获得区中学生联赛冠军和五人制足球赛冠军；两年来向申花和徐根宝训练基地输送了8名运动员；2009年获得上海市学生阳光体育大联赛初中组冠军；2009～2010赛季上海市校园足球联赛初中组亚军；2010年全国青少年足球夏令营青岛站比赛冠亚军；2010年崔兆祥老师被评为“上海市校园足球十佳指导员”；2010年学校被评为上海市校园足球先进单位；2011年上海市耐克杯新民晚报暑期中学生足球比赛冠亚军；2011年荣获徐汇区第六届运动会“优秀运动队”。足球特色班学生文化课成绩也在平行班中名列前茅，九年级足球队学生大部分直接选拔进南洋高中足球队。
初高中衔接贯通
南洋中学通过示范、辐射和引领，加强与南洋初级中学的衔接。学校在办学思想、发展规划、办学机制、特色创建、学校管理等方面实现资源共享。两校党政贯通，在南洋中学统一领导下，南洋中学副校长兼初中校长，具体负责初中工作；初中支部成为南洋中学党委的一个独立支部；每年有一定数量的师资相互交流任教，共同举办学生相关活动；特色学生培养已成系列化，每年的推荐生、自主招生均对初中品学兼优的特色学生予以倾斜。
招生工作
在局统一安排、南洋中学统一领导下，每年招收一定数量的（科技）桥牌、鼓乐、足球特色学生。学校组织面试、（部分）专业测试，择优录取、独立成班。南洋中学具体管理，委派优秀教师进初中特色班任教，定期对初中特色班进行质量测评监控，确保专业训练高质，教育教学高水平，为高中特色培养后备人才。欢迎各方面优秀的学生提前报考该校（科技）桥牌特色班、鼓乐特色班、足球特色班。
