fasta格式形式如下图，由两部分组成。
第一部分 ：以大于号“ > ” 开头，接着是序列的标 识符“gi|187608668|ref|NM_001043364.2|”，然后是序列的描述信息。注意区分大小写，且不能出现空格，空格表示序列标识符结束；随后是序列的描述信息。所有来源于NCBI的序列都有一个gi号“gi|gi_identifier”，gi号由数字组成，具有唯一性。一条核酸或者蛋白质改变了，将赋予一个新的gi号（这时序列的接收号可能不变）。gi号后面是序列的标识符，标识符由序列来源标识、序列标识（如接收号、名称等）等几部分组成，他们之间用“|”隔开，如果某项缺失，可以留空但是“|”不能省略。
第二部分 ：是序列本身信息，使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号，通常核苷酸符号大小写均可，而氨基酸常用大写字母。使用时应注意有些程序对大小写有明确要求。一般每行60～80个字母。直到遇到下一个" > "结束。
fasta格式在拓展的文件命名中，一般会约定俗成：
fastQ格式形式如下图，由四部分组成。
第一部分 ：由'@'开始，后面跟着序列的描述信息，这点跟FASTA格式是一样的。
第二部分 ：是序列。
第三部分 ：由加号' + '开始，后面也可以跟着序列的描述信息。跟随着该read的名称（一般与@后面的内容相同），但有时可以省略，但“+”一定不能省。
第四部分 ：是对第二行序列的质量评价（quality values，注：应该是测序的质量评价），字符数跟第二行的序列是相等的。
fastQ文件用途：样品测序返回的数据一般存储为fastq文件，通常是压缩文件 filename.fq.gz 的格式，节省存储空间和传输时间。