截至2014年，苏州大学图书馆共分十部一室一站，各部门设置及职能如下：
办公室：负责全馆财务、组织、人事、科研、文书、档案、办公设备和行政等方面的管理和业务统计，协助馆领导做好活动组织、宣传等工作，并指导各部门、各区馆的行政等工作。
公共服务部：负责图书馆整体形象的宣传与推广，包括文化环境建设、各类宣传材料的制作、《东吴图情通讯》的编印、公共场所的管理和布置；负责图书馆的部分接待与外联工作；提供复印、打印、电脑刻字等各种服务。
文献建设部：负责图书馆的纸质图书、报刊、电子出版物的采访与购置，对入馆的纸质文献进行验收、分类、编目、加工及典藏等工作，并负责馆藏信息的宣传报道，编制联合目录等； 合理使用经费、定期向馆长提交经费使用统计分析材料；负责馆藏文献资源的回溯及书目数据整理工作；做好文献的征集、交换、捐赠工作及与院系资料室的共建共享工作。
信息咨询部：负责开展信息调研及咨询服务，包括数据库的试用调研及利用分析、信息查询服务、文献传递服务、科技查新服务、网上资源的开发利用及资源整合、图书馆主页的更新维护、数据库的数据维护和更新等、解答各类读者咨询、电子资源宣传和培训、计算机检索课教学，以及苏南地区文献中心工作。
科技查新站：负责科技查新、查收查引等有偿服务工作。
系统技术部：负责图书馆计算机集成管理系统的日常维护，镜像站、主页、邮件、视频等服务器系统的调试和运行，图书馆网络的构建和管理，确保全馆网络通畅，做好全馆现代化设备管理与技术支持工作等；负责全馆各校区电子阅览室的网络、设施及有关软件等技术支持工作，参与校园信息化及图书馆数字化等相关技术服务工作。
数字化建设部：负责自建特色资源的数字化建设工作，做好苏州大学学位论文、苏大讲坛、历代名人图像库、吴文化数据库、JALIS特色资源整合、非书资源及学者机构库等特色数据库的建设以及与数字化项目相关的软件开发。制定数字资源建设规范，承担数字化项目的组织、立项调研、立项申报、平台设计开发、数据收集、加工、发布、结项、后期服务、项目完善等工作。
古籍特藏部：负责线装古籍、民国文献及影印出版的大型古籍丛书的管理、编目、阅览、咨询、修复等工作，开展古籍文献数字化与整理、研究出版等相关工作；做好全国古籍重点保护单位的有关工作。
读者服务部：负责图书馆的图书文献外借、书刊阅览等工作，包括通借通还、书库管理、新书验收、读者证件管理、阅览室的开放和管理、读者咨询和导读工作、OPAC、RFID使用指导及文献资源利用分析。周开放时间不少于90小时。
