1955年 抗生素制造工学专业1980年 抗生素制造工学专业调扩为生化工程专业并与生物化学专业合并成立生化工程系1986年 成立食品科学与工程专业 1991年被批准为生物化工博士学位授权点1992年 生化工程系，含三个专业，共七个教科组：生物化学工程专业 生物化学专业 食品科学与工程专业、微生物学教科组、发酵工程教科组、生物分离教科组、生物反应器教科组、应用生物技术教科组、基础生化教科组、食品工程教科组。 生化工程研究所，含六个研究室，一个课题组：动物细胞培养研究室、生物过程检测与控制研究室、基因工程研究室、离子交换技术研究室、生物分离工程研究室、精密仪器室、ATP课题组。 华东生物技术工程公司，含四个部：发酵工程部、分离工程部、电子技术部、工程设计部。1995年 在生化工程研究所的基础上另成立生物反应器国家重点实验室、在原基因工程研究室、应用生物技术教科组、基础生化教科组的基础上成立生化研究所。1996年 原生化工程学科改名为生物工程学院，生化工程学科被批准为上海市教育委员会重点学科。1997年 在生化工程研究所和国家重点实验室的基础上，另成立国家生化工程技术研究中心（上海）。1998年 在生物化学专业的基础上成立应用生物化学系。1999年 生化工程系改名为生物工程系，生物化工专业改为生物工程专业；应用生物化学系的生物化学专业改名为生物科学专业，并另成立了生物技术专业；同年6月成立了海洋生物化学工程研究所。2001年 国家生化工程技术中心（上海）正式挂牌，生化工程与技术学科通过教育部“211工程”项目验收，生物工程学科被批准为上海市重点学科。2002年 生物化工学科被批准为国家重点学科。2003年 被批准为发酵工程博士学位授权点2006年 被批准为生化与分子生物学博士学位授权2007年 发酵工程被批准为上海市重点学科2011年“轻工技术与工程”一级学科博士点获批2012年“轻工技术与工程”博士后科研流动站获批
