1、使用范围不同：国家基本药物目录不仅兼顾临床必需，还考虑公共卫生必需，包括免疫规划疫苗、抗艾滋病和结核病等药品。医保目录指保证职工临床治疗必需的，纳入基本医疗保险给付范围内的药品，分为甲类和乙类两种。
2、支付方式不同：国家基本药物目录需采取多种方式保障有效供给，确保不断供，政府通过定点、储备等方式保障生产供应，通过财政专项经费或纳入医保基金予以高水平保障，提高患者对基本药物的可负担性。
医保目录药物根据不同类支付方式不同，甲类的药物全国基本统一、能保证临床治疗基本需要的药物。这类药物的费用纳入基本医疗保险基金给付范围，并按基本医疗保险的给付标准支付费用。
乙类的药物是指基本医疗保险基金有部分能力支付费用的药物，这类药物先由职工支付一定比例的费用后，再纳入基本医疗保险基金给付范围，并按基本医疗保险给付标准支付费用。
3、优先级不同：国家基本药物目录是临床首选、优先使用的一线药品，随着按病种付费、总额预付等医保支付方式改革不断深入，从保证供应、指导临床合理用药角度，基本药物目录的指导性作用更强。
扩展资料：
一、产生背景：
随着我国从计划经济体制向市场经济体制的转变，迫切要求建立和健全包括社会医疗保险在内的社会保障体系。1998年12月，我国颁布了《关于建立城镇职工基本医疗保险制度的决定》，标志着新型医疗保障制度的建立。
为了保障职工基本医疗用药，合理控制药品费用，次年5月下发了《城镇职工基本医疗保险用药范围管理暂行办法》，规定基本医疗保险用药范围通过制定《基本医疗保险目录》进行管理。
2000年，《国家基本医疗保险药品目录》诞生，我国医疗保险制度改革配套措施正式启动。在此基础上，国家劳动和社会保障部又于2004年9月颁布了《国家基本医疗保险和工伤保险药品目录》。
二、特点：
《国家基本药物目录》中的基本药物，政府会采取多种方式保障有效供给，确保不断供，通过定点、储备等方式保障生产供应，通过财政专项经费或纳入医保基金予以高水平保障，提高患者对基本药物的可负担性。
参考资料来源：百度百科-国家基本药物目录
参考资料来源：百度百科-基本医疗保险药品