口服避孕药可以使子宫内膜发育不全，腺体分泌不足，因此子宫内膜不能正常生长而变薄，导致月经量减少，个别女性因避孕药抑制作用过度，在停药后不发生撤退性出血，从而出现闭经。
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避孕药中的某些成分可以引起体重增加，雄性激素会引起食欲亢进或痤疮;尤其在口服避孕药的前三个月内，雌激素水平升高会引起水，钠潴留，导致月经后半个周期体重增加;此外孕激素促进合成代谢也会导致体重增加。
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有的女性在服药期间会发生持续性的点滴出血，或如同来月经一般大量出血，这与漏服，迟服避孕药或者避孕药药效不足有关，如果阴道出血发生在月经周期前半期，即提示雌激素剂量过小;如果发生于后半周期，则表示孕激素剂量不够，不足以维持子宫内膜。
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类早孕反应较常见，约占用药人数的50%。症状多为先重后轻，以后逐渐消失，可能与机体逐渐适应有关，表现为食欲不振、恶心、呕吐甚至乏力、头晕等，常在服药第1—2周发生，该反应与避孕药中的雌激素刺激胃黏膜有关，一般来说无需处理，三个月后可自行消失;反应比较严重的，可以服用维生素B6或是止吐药物缓解。