福建省国税局设有多个职能机构，分别负责不同的税务管理和公共服务工作。以下是主要部门的职责概述：
1. 办公室：负责年度计划制定、文稿起草、机关行政事务、文电管理、会务、档案、保密等工作，以及政务和政府信息公开，以及网站管理和行政规章制度的制定。
2. 政策法规处：负责依法行政方案制定、多税种政策协调、规范性文件合法性审核，以及行政复议、赔偿案件处理等法律事务。
3. 货物和劳务税处：负责增值税、消费税等的征收管理，解释业务问题，实施纳税评估和税源管理。
4. 所得税处：负责企业所得税等的征收管理，解释业务问题，实施纳税评估和税基管理，以及减免税审核等工作。
5. 收入规划核算处：编制税收收入计划，监督税款缴退库，进行税收收入分析和重点税源监控，以及税收会计核算管理。
6. 纳税服务处：协调指导纳税服务工作，组织纳税辅导、咨询服务，处理投诉，推进税收信用体系建设。
7. 征管和科技发展处：负责综合性税收征管法规实施，研究税收管理规程，推进信息化建设和管理工作。
8. 财务管理处：负责财务管理、基本建设管理，包括预算审核、会计核算和资产管理工作。
9. 督察内审处：监督税收法律法规执行情况，进行财务审计和税收执法质量考核。
10. 人事处：负责干部人事制度，公务员管理，以及领导班子建设和干部监督工作。
以上各处室分工明确，共同确保税收政策的正确执行和纳税服务的高效进行。
福建省国家税务局是福建省主管国家税收工作的行政机构，由国家税务总局实行垂直管理。