1. 办公室：负责协调局内事务，包括文电处理、会务组织、机要保密、档案管理、信息统计、信访政务公开、新闻发布以及机关规章制度的建设。同时，它还承担财务、资产管理以及内部审计工作，监督直属单位的相应管理工作，并管理机关行政事务。
2. 政策法规处：主要负责起草人事人才政策法规，监督实施，进行人才统计，处理公务员申诉控告案件，进行行政复议和应诉，以及合法性审查等工作。此外，它还负责事业单位参照公务员法管理的审核审批和人事争议仲裁工作。
3. 专业技术人员管理处：制定和实施事业单位人员管理和改革政策，管理岗位设置和专业技术职务评聘，审批高级职务任职资格，负责专业技术人员职业资格制度的实施和考试工作，以及高技能人才和工勤人员的技术等级岗位考核等。
4. 专家工作处：致力于高层次人才队伍建设，负责选拔、管理和服务杰出专业技术人才，参与各类专家的选拔、培养和管理工作，以及博士后管理制度的实施。
5. 职位管理处：负责公务员职位分类和管理，包括公务员登记、职位设置和管理，政府公务员选拔方式指导，以及省级领导人员任免提案等工作。
6. 考试录用处：负责政府公务员和事业单位人员录用的综合管理，包括公务员录用审批、考试基地建设和题库建设等。
7. 考核奖惩培训处：管理考核、奖励表彰和培训工作，包括公务员年度考核、奖励推荐、处分政策以及干部教育培训等。
8. 流动调配处：指导人才流动和引进，管理人才市场，制定和实施人才引进政策，负责人员交流调配和事业单位公开招聘等工作。
9. 工资福利处：负责机关事业单位工资分配改革，工资政策制定和管理，人员工资统计，以及福利退休政策等。
10. 军官转业安置处：负责军队转业干部的安置政策和计划，家属安置，自主择业干部管理，培训等工作，同时负责相关表彰评选和领导小组日常工作。
11. 人事处：负责局机关和直属单位的机构编制和人事管理工作。
机关党委和离退休干部工作处则分别负责局机关和直属单位的党群工作以及离退休干部的管理工作。
福建省公务员局与省人力资源和社会保障厅有关人力资源管理的分工，按照省委、省政府《关于福建省人民政府机构改革的实施意见》（闽委[2009]27号）的规定执行。