王金秀在科学研究领域取得了显著的成就，她主持了多项重要项目:
国家自然科学基金项目：“我国区域协调发展的公共支出政策研究
国家社会科学基金项目：“我国预算的统一性和分类管理”
中国博士后基金资助项目：“公共支出的经济分析”
教育部重点项目：“国家预算管理”
湖北省财政厅十一五规划课题：“湖北财政支出结构和效率”
王金秀还是多项省部级课题的核心研究成员，其中包括:
财政部课题：“国家预算管理”、“《预算法》修改若干重大问题研究”和“预算绩效管理”
会计制度研究：“政府和非盈利组织会计制度研究”
三峡建委课题：“三峡后续建设工作预算体制和资金使用管理方式”
中国人民银行总行课题：“我国债券市场的税收和会计制度”
教育部课题：“中国地方政府预算改革研究”
以及教育部人文重点研究基地重大项目：“地方预算创新”
她的研究成果丰硕，著作颇丰，包括《政府预算机制研究》、《公共财政政策与政府治理》、《国家预算管理》、《预算会计学》和《地方财政》，并且在《管理世界》、《财贸经济》、《财政研究》等知名期刊发表了70多篇学术论文。她的研究工作多次获奖，如省政府人文社科奖、省会计学会和省财政学会的优秀成果奖。王金秀还曾赴美国、新加坡和中国台湾进行过深入的学术交流，进一步拓宽了她的研究视野。
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