根据上述职责，市财政局内设 15 个职能科室。
（一）办公室
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担机关财务、信息、安全、保密、信访、政务公开、人事、教育培训等工作。
（二）综合科
分析预测宏观经济形势并提出宏观调控政策建议；研究提出有关的收入分配政策和改革方案；管理廉租住房补贴和经济适用房建设资金；会同有关方面拟订土地、矿产等国有资源收入政策；管理国有土地出让收入；拟订政府非税收入管理制度和政策；承担彩票市场监管和彩票资金管理有关工作；承担清理规范公务员津贴补贴和事业单位绩效工资改革的具体工作。
（三）预算科（条法税政科）
研究提出财政政策、财政体制、预算管理制度和中长期财政规划的建议；编制年度市本级预算草案和办理预算追加事宜；承担市本级部门预算审核、批复、调整工作；承担市本级部门支出标准体系建设及项目库管理工作；汇总年度全市财政预算。组织起草全市财政、税收等地方性法规规章草案；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；承担有关行政复议和行政诉讼工作；承办国家赔偿费用工作。
（四）国库科
组织预算执行及分析预测，组织实施总预算会计、行政单位会计及政府会计制度；组织实施国库管理制度、国库集中收付制度；管理财政和预算单位账户及总会计核算；编制市本级财政决算草案和汇编全市财政决算，承担国库现金管理的有关工作。
（五）行政政法科
承担行政、政法等方面的部门预算有关工作；拟订行政性经费的财务管理制度；负责行政事业单位和社会团体的非贸易外汇管理。
（六）教科文科
承担教育、科技、文化等方面的部门预算有关工作；拟订事业单位通用的财务管理制度，拟订新闻、出版和电影行业的财务制度；承担义务教育经费保障机制改革的具体工作，按规定管理重大科技专项资金；承担市本级国有文化企业财务管理的有关工作。
（七）经济建设科
承担发展和改革、城市规划与建设、环保等方面的部门预算有关工作；参与拟订市本级建设投资的有关政策；拟订基本建设财务管理制度；承担有关政策性补贴和专项储备资金财政管理工作；承担财政投资评审管理工作。
（八）农业科
承担农业、林业、水利等方面的部门预算有关工作；拟订财政支农资金管理办法和有关行业事业、企业财务管理制度；管理支农专项资金，管理政策性农业和扶贫专项贷款贴息，统筹安排财政扶贫移民资金。
（九）社会保障科
承担人力资源和社会保障、民政、卫生等方面的部门预算有关工作；会同有关方面管理全市财政社会保障和就业及医疗卫生支出；会同有关方面拟订有关资金（基金）财务管理制度，承担社会基金财政监管工作；编制社会保障预决算草案，审核全市社会保险基金预决算草案。
（十）企业科（金融科）
承担工信委、商务、国资等方面的部门预算有关工作；研究提出支持企业改革和发展的财政政策；承担国有资本经营预算的有关工作；组织实施企业财务管理的各项制度；承担有关资产评估管理工作；拟订金融类企业财务管理制度、政策性出口信用保险有关政策，按规定管理政策性金融业务。
（十一）乡镇财政管理局
指导全市乡镇财政工作；研究拟订乡镇财政管理的有关制度和办法；负责全市乡财县代管工作；参与社会涉农资金监管，组织财政补贴资金发放。
（十二）外经科
参与研究全市利用国际金融组织和外国政府贷款的有关政策和财务规章；承担世行、亚行等国际金融组织和外国政府在吉安贷（赠）款、担保和联合融资的对外谈判、转贷（赠）、偿还工作；监督和管理贷款资金和国内配套资金的使用；承办涉及港澳台的合作与交流事务。
（十三）会计科
组织实施国家统一的会计准则制度、内部控制规范、注册会计师行业规章制度；管理会计从业资格；按规定承担会计专业技术资格管理工作；承担指导和监督注册会计师、会计师事务所业务的工作；组织实施会计信息化标准。
（十四）国有资产管理科
拟订市本级行政事业单位国有资产管理制度和办法；承担市直行政事业单位的有关国有资产管理工作；指导县(市、区)行政事业单位国有资产（资源）管理工作。
（十五）财政监督局（市人民政府财经监督检查办公室）
拟订财政监督检查的政策和制度；监督财税法规、政策的执行情况，承担监督检查会计信息质量的有关工作，依法查处违法违规行为；反映财政收支管理中的重大问题；提出加强财政管理的政策建议；指导全市财政监督业务工作。
市契税征收管理分局（行政服务科）。负责市区（吉州区、青原区）及井开区范围内契税和耕地占用税的征收管理工作；负责在市行政服务中心办理行政审批工作。
纪检组（监察室）。为市纪委（市监察局）的派驻机构。
