1600年,宗义智参与了关原之战,加入了西军,这是他在万历朝鲜战争后的首次朝鲜派遣。
1603年,他执行了一项重要的任务,将数百名朝鲜俘虏送回朝鲜。次年,朝鲜使节来访对马,宗义智陪同他们前往京都,参与了外交活动。
1605年,德川家康与朝鲜使节在伏见城会面,进一步加强了两国的交流。1607年,朝鲜的回答兼刷还使首次来访,与德川秀忠在江户会面,标志着双方关系的进一步缓和。
1609年,宗义智与朝鲜达成己酉条约,恢复了邦交,并重新开放了釜山广域市的倭馆。1615年,宗义智去世,其弟宗义成继承了他的事业,参与了大坂之战。
随后几年,朝鲜通信使多次来访,如1617年、1624年和1636年,继续维护着两国的联系。1732年和1733年,府中连续遭遇大火,1755年朝鲜贸易陷入困境。
1813年,伊能忠敬的测量队造访对马,1847年外国船只频繁出现,1857年和1861年,英国和俄国军舰相继停泊浅茅湾,展现了外部势力对这一地区的关注。
1862年,对长同盟建立,而1864年的甲子之变中,胜井五八郎对尊攘派进行了严厉镇压。1865年,胜井五八郎遭受惩处。1868年,宗义达带领藩兵响应变革,开始东进。
1869年,随着版籍奉还,府中更名为严原,历史进程进入了新的阶段。1871年,废藩置县的政策实施,对马府中的历史地位也随之发生了深刻的变化。
对马府中藩为日本江戸时代统有对马国(长崎县对马市)全境与肥前国田代(现佐贺县鸟栖市东部与基山町)及滨崎(现佐贺县唐津市滨崎)的藩,别名:严原藩。一般都直接称为对马藩。府中”则是来自于严原的城下町之称。藩厅起初为金石城(现对马市严原町西里),之后移往栈原城(现对马市严原町栈原)。