1600年，宗义智参与了关原之战，加入了西军，这是他在万历朝鲜战争后的首次朝鲜派遣。
1603年，他执行了一项重要的任务，将数百名朝鲜俘虏送回朝鲜。次年，朝鲜使节来访对马，宗义智陪同他们前往京都，参与了外交活动。
1605年，德川家康与朝鲜使节在伏见城会面，进一步加强了两国的交流。1607年，朝鲜的回答兼刷还使首次来访，与德川秀忠在江户会面，标志着双方关系的进一步缓和。
1609年，宗义智与朝鲜达成己酉条约，恢复了邦交，并重新开放了釜山广域市的倭馆。1615年，宗义智去世，其弟宗义成继承了他的事业，参与了大坂之战。
随后几年，朝鲜通信使多次来访，如1617年、1624年和1636年，继续维护着两国的联系。1732年和1733年，府中连续遭遇大火，1755年朝鲜贸易陷入困境。
1813年，伊能忠敬的测量队造访对马，1847年外国船只频繁出现，1857年和1861年，英国和俄国军舰相继停泊浅茅湾，展现了外部势力对这一地区的关注。
1862年，对长同盟建立，而1864年的甲子之变中，胜井五八郎对尊攘派进行了严厉镇压。1865年，胜井五八郎遭受惩处。1868年，宗义达带领藩兵响应变革，开始东进。
1869年，随着版籍奉还，府中更名为严原，历史进程进入了新的阶段。1871年，废藩置县的政策实施，对马府中的历史地位也随之发生了深刻的变化。
对马府中藩为日本江戸时代统有对马国（长崎县对马市）全境与肥前国田代（现佐贺县鸟栖市东部与基山町）及滨崎（现佐贺县唐津市滨崎）的藩，别名：严原藩。一般都直接称为对马藩。府中”则是来自于严原的城下町之称。藩厅起初为金石城（现对马市严原町西里），之后移往栈原城（现对马市严原町栈原）。