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保险公司应当赔偿非医保用药部分。
一般保险公司在交强险以及商业第三者责任险的保险条款中都会约定：“保险人按照国家基本医疗保险的标准核定医疗费用的赔偿金额。”这是一种格式条款。那么在理赔中，是否就需按照车主与保险公司约定的进行赔偿，只在医疗费用中就按照国家基本医疗保险的标准赔偿?笔者认为保险公司应当对非医保用药进行赔偿。
首先，根据《保险法》第十七条第二款：“对保险合同中免除保险人责任的条款，保险人在订立合同时应当在投保单、保险单或者其他保险凭证上作出足以引起投保人注意的提示，并对该条款的内容以书面或者口头形式向投保人作出明确说明;未作提示或者明确说明的，该条款不产生效力。”
第十九条：“采用保险人提供的格式条款订立的保险合同中的下列条款无效：(一)免除保险人依法应承担的义务或者加重投保人、被保险人责任的;”保险公司对于医疗费只按照国家基本医疗保险标准赔偿其实是在免除自己的责任，所以如果投保人在投保时，保险公司对于该条款没有作出足以引起投保人注意的提示或者明确说明的，那么该条款是无效的。
其次，根据《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第十九条：“医疗费根据医疗机构出具的医药费、住院费等收款凭证，结合病历和诊断证明等相关证据确定。赔偿义务人对治疗的必要性和合理性有异议的，应当承担相应的举证责任。”
综上，保险公司应当对非医保用药进行赔偿。交强险与商业第三者责任险设立的目的就在于保障受伤者依法得到赔偿，而且上述两种险种属商业性质的保险，与国家基本医疗保险的社会福利性不同，不能完全按照国家基本医疗保险标准赔偿。