卫生许可证在工商行政管理部门办理。
卫生许可证办理的方法是：
1、申请人填写相应的申请表，到受理窗口递交食品卫生许可证申请书。
2、提交办理食品卫生许可证材料，法定代表人（负责人、业主）相关证明、委托代理人资格证明等资料，食品经营活动的场所和设备布局、生产工艺流程、卫生设施等示意图，新建、改建、扩建工程的预防性卫生审核材料，承诺书，经营场所场地合法使用的有关证明。
3、食品卫生许可证办理工作人员审批，在收到申请后五个工作日内作出是否受理决定，受理后二十个工作日内作出审批决定。
4、作出准予决定后十个工作日内发放食品卫生许可证。
卫生许可证发放审查：
卫生行政部门对食品生产经营者提出的卫生许可证申请，应当在规定的期限内，按照法定的权限、范围、条件与程序，对其必须具备的生产经营条件进行量化评分和审查。必要时，可以要求其提供卫生检验检测报告。卫生行政部门对卫生许可证申请的审查应当包括对申请材料的书面审查和现场实地审查。
卫生行政部门对符合发放条件的食品生产经营者颁发食品卫生许可证。不予发证的，应当书面说明理由，并告知申请人依法享有的申请行政复议或者提起行政诉讼的权利。
卫生行政部门对未达到卫生许可证发放条件的食品生产经营者，应当提出整改意见；对学校食堂、建筑工地食堂的整改意见，还应当及时通报教育、建设主管部门，提请有关主管部门督促整改。学校食堂、建筑工地食堂经限期整改仍达不到卫生许可证发放条件的，经教育、建设主管部门同意，可以适当延长整改期限，达到发放条件的方可发放卫生许可证。
以上内容参考百度百科-卫生许可证
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