LD衰减距离指的是，当平均LD系数衰减到一定大小(最大值的一半/0.5以下）的时候，对应的物理距离。通常用LD衰减距离来描述LD衰减速度。LD衰减速度越快，即衰减距离越小，说明该群体遗传多样性越高；LD衰减速度越慢，通常驯化程度越高，选择强度越大，导致遗传多样性下降。
LD系数衰退速度会受到不同因素的影响而有所不同。常见的因素包括：
1）物种类型LD存在的本质是两个位点的连锁遗传导致的相关性。但这种相关性理论上会随着世代的增加、重组次数的增加而不断下降。所以，那些繁殖力强、时代间隔短的物种（例如，昆虫），其LD衰减的速度是非常快的。例如在家蚕和野蚕群体中，LD系数下降到最大值的1/2仅仅需要46bp和7bp的距离
2）群体类型相同物种的不同群体，由于其遗传背景不同，LD衰减速度也存在很大的差异。驯化选择，会导致群体遗传多样性下降，位点间的相关性（连锁程度）加强。所以，通常驯化程度越高，选择强度越大的群体，LD衰减速度是最慢的。例如，栽培稻比野生稻通常更大的LD衰减距离。类似的，自然选择、遗传漂变导致的群体遗传多样性下降，也会减慢LD衰减的速度。
3）在染色体的位置染色体不同区域的LD衰减距离而是不同的。通常着丝粒区更难重组，所以LD衰减更慢。而基因组上那些受选择的区域相比普通的区域，LD衰减速度也是更慢的。
发现不止1000kb
用poplddecay画图时会返回有以下内容的文件，前两列是画图所需的的数据
其中列名#Dist、Mean_r^2在R语言中无法识别，所以首先要改列名
基础知识参考文章：
https://links.jianshu.com/go?to=http%3A%2F%2Fwww.omicshare.com%2Fforum%2Fthread-878-1-1.html