南谯区卫生局的主要职责包括:
首先，该局需严格贯彻执行国家关于卫生和食品药品的方针政策及法律法规，制定并实施本地区的相关规章，确保法律法规的执行和区域卫生食品药品标准的落实。
其次，卫生局负责规划全区的卫生食品药品事业发展，包括年度计划和机构设置，对各级各类卫生食品药品机构进行宏观管理和业务指导，以提升整体服务质量。
在监管方面，卫生局依据相关法规，对公共卫生、劳动卫生、食品卫生、药品安全等进行监督，对重大疾病的防控、食品药品安全以及医疗质量实施监测，同时实施从业人员资格认证和医疗机构许可证管理。
南谯区卫生局还致力于发展中医药事业，推动中西医结合，传承和发展祖国医学遗产，发挥传统医学的优势。
在预防保健方面，该局坚持预防为主，重点控制传染病和地方病的传播，通过爱国卫生运动改善城乡卫生环境，推动初级卫生保健工作的实施。
此外，卫生局制定并执行初级卫生保健、妇幼保健和优生优育的发展规划，保障公众健康权益。
在应对突发事件和自然灾害时，卫生局承担应急救护和防病工作的组织指挥，防止疾病扩散，与区红十字会紧密合作。
同时，卫生局还负责职业道德法制教育，加强行业精神文明建设，指导和管理全区医疗单位、村卫生室、餐饮服务场所以及药店等的相关工作。
最后，南谯区卫生局还需完成区委、区政府以及上级卫生食品药品行政部门交办的其他重要任务。
根据《中共滁州市委办公室 滁州市人民政府办公室关于印发的通知》（滁办字[2009]102号），设立南谯区卫生局（区食品药品监督管理局），为区政府组成部门。
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