办公室负责文电、会务、机要、档案、后勤保障工作；承担文件起草和电子政务、政务公开、保密、宣传、信息、信访、督查、社会治安综合治理、外事等工作。
运输管理办公室(出租汽车行业指导办公室) 承担全市道路、水路运输市场监管责任；拟订相关政策、制度和标准并监督实施；负责与有关部门建立综合运输体系协调配合机制；承担涉及综合运输体系的标准协调工作；指导全市运输线路、营运车辆、交通枢纽、运输场站等管理工作；参与拟订物流业（港口物流园区）发展有关政策和标准；指导车辆维修、营运车辆综合性能检测、机动车驾驶员培训机构和驾驶员培训管理工作；负责全市道路危险货物运输从业人员管理工作；承担指导城市公共交通运营及出租汽车、汽车租赁、道路客货运、汽车出入境运输管理等工作。
法规科技科宣传贯彻执行国家和省有关交通运输工作的法律、法规、规章和方针、政策，承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；参与起草全市相关规范性文件。制定行业培训规划并指导监督行业行政执法工作，承办行政复议和行政应诉；组织开展政策研究；指导全市交通运输行业有关体制改革工作。拟订实施全市交通运输行业科技、信息化政策并监督实施；组织协调有关重大科技项目研究；承担有关标准、质量和计量工作；指导交通运输行业节能减排工作。
综合规划科会同有关部门组织制定全市综合运输体系规划，承担有关协调工作；组织拟订公路、水路、运输枢纽发展战略和规划，参与拟订物流业(含港口物流园区)发展战略和规划；承担有关规划和建设项目的审核工作；提出国家、省、市有关专项资金投资政策和资金安排建议并监督实施；承担或参与全市公路、水路工程设计审批；拟订公路、水路建设和维护相关技术标准；承担公路标志标线管理工作；承担有关环境保护、利用外资、统计信息工作。
财务科拟订全市交通运输行业有关投融资政策；承担专项资金、预决算、政府采购、外资、信贷有关工作；承担机关和直属单位财务及资产监管、内部审计工作。
人事劳动科承担机关和直属单位的干部人事、机构编制管理工作，监督指导直属单位的劳动保护工作；指导全市交通运输行业人才队伍建设工作；承担有关智力引进工作。
建设管理科承担全市公路、水路建设市场监管责任；拟订公路、水路建设、维护相关政策、制度；负责公路、水路建设、维护相关政策、制度、技术标准的监督实施；承担全市交通重点公路、水路等工程施工许可、实施监督和竣工验收工作；指导农村公路建设、维护工作。
安全监督科(应急办公室) 组织拟订全市道路、水路安全生产政策和应急预案；指导有关安全生产和应急处置体系建设并监督实施；承担有关道路、水路运输企业安全生产监管工作；依法组织或参与有关事故调查处理工作；组织协调国家和省、市重点物资运输和紧急客货运输。
路政管理科(市车辆超限超载治理工作办公室) 拟订公路路政相关政策、制度和技术标准并监督实施；负责全市高速公路、国家和省干线公路、农村公路路政管理以及超限超载运输治理工作；承担高速公路及重要干线公路运行监测和协调，参与实施交通管制；指导公众出行路况信息服务和咨询工作；提出全市公路收费站点设置、收费标准、收费期限的建议，经省、市政府批准后监督实施；组织实施绿色通道、抢险救灾、农机跨区作业等通行费减免工作。
机关党委负责机关及直属单位的党群、精神文明建设和计划生育工作。
离退休干部科负责机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。
