《中国史纲要》（元明清部分）和《明清史论集》，比较全面地体现了他的学术思想和学术贡献。《中国史纲要》（元明清部分）是许先生在北京大学历史系讲授基础课时的一个讲稿，此后他又精益求精，做了多次修改，其中许多观点和资料不断为学者们引用和发挥。《明清史论集》分上下两编，上编收录的是许先生于解放前写的《清代捐纳制度》；下编收录的是许先生于解放后所写的有关明史的研究论文、文章和书评等，均有很高的学术价值，颇为引人瞩目。
《清代捐纳制度》一书长达10万言，是许先生于1947年硕士研究生毕业时的学位论文，正如明史专家王天有先生在该书《序》中所说：该书的研究成果以其科学性、创见性及材料详实深受学术界好评，1950年由哈佛燕京学社作为《燕京学报》专号在北京出版，以后又在海外一再重印，在清代制度、社会史研究领域中占有重要地位。这本书既是许先生的成名之作，也为他日后在清史界的地位奠定了牢固的基础。
捐纳是指地主、富民向朝廷输纳钱、财、物，然后由官府授其本人官职以作报偿，这一做法几乎贯彻于中国封建社会始终；但其演变成为一整套制度并长期予以执行，却是在清代。许先生在本文中，经过广泛搜集和考辨大量史料，对清代捐纳制度的沿革、组织和影响进行了深入而又系统的探讨。他在该文沿革篇中，把清代捐纳制度演变的经过，分为开创、因袭和变更三个时期，揭示了清代捐纳制度的真相；在组织篇中，对该制的弊端，进行了详细的剖析；在影响篇中，分为康熙开捐之反应、捐纳之弊和停捐策略三章，叙述了清代有识文人学士和人民对捐纳制度弊端的揭露和抨击，分析了捐纳施行尤多不善的原因；在结语中，对由捐纳的实施而导致吏治之坏直馅于不可收拾进行了深入的分析。《清代捐纳制度》将捐纳一代之制，粲然必备，的确是填补清代历史研究空白之作，且至今无人超越。
许先生在《明清史论集》下编中的研究论文，主要是分析和描述了明代经济生活和政治斗争的几个重要问题，从侧面揭示了明代社会生活。
《十六世纪十七世纪中国封建社会内部资本主义萌芽》一文，对著名历史学家尚钺先生所提出的明代中国社会某些地区的农业经济基本上已采取了资本主义制的观点，提出了自己的意见，他认为，把16世纪和17世纪初期的中国理解为某些地方已达到资本主义的手工业工场阶段，或某些地方的农业已基本上采取了资本主义的经营方式，则不免估计过高。
《明代北京的经济生活》一文，全面而又深入地描述和分析了洪武时期北京地区农业经济的恢复、北京的建都及其对经济发展的影响、明中叶以后北京地区生产力水平的提高和商品货币经济的发展和明末北京地区城乡经济的凋敝状况。他在文中提出的许多重要观点，在今天看来仍十分有价值。
许先生有关明末东林党的研究论文，对活跃在明代政坛的豪绅地主集团和中小地主阶层，进行了全面而透彻的分析，认为东林党代表了明代中小地主的利益，他们之中的一部分人也兼营工商业，与新兴市民阶层，即城市的下层比较接近，对市民有一定的了解和同情，所以在反对矿税监和反阉党的斗争中，客观上也反映了新兴市民阶层的要求。
许先生还在有关文章中对明朝史的诸多分期法，提出了自己的见解。他将明朝历史分为开创、腐化、整顿和衰敝四期，引起了学术界的高度重视.
许先生还将明代的封建地主阶级分为身份性的大地主，（包括皇家大地主集团和豪绅大地主集团）、非身份性的大地主（田赢七顷以上的粮长、义民和富民）、中小地主阶层三部分，并指出，他们虽然都是明政权的统治基础，在农民革命斗争的不断冲击下日趋没落，但绝不是一团黑暗：皇室大地主和官绅大地主在明后期已成为最腐朽反动的阶层，而中小地主阶层中的一部分人，由于适应了封建社会后期商品货币经济发展和资本主义萌芽的需要，从经济上到政治上都起过一些积极作用。这种观点是实事求实的。
许先生在他五十余年的学术生涯中，之所以能提出一个又一个新的学术观点、取得一个又一个令人瞩目的科研成果，其治学方法是一个重要原因。他说：我一贯主张写文章要有‘五新'：选题新、材料新、角度新、方法新和观点新。否则人云亦云，没有什么意思。这一言简意赅的话语，既是一个大学问家的经验之谈，同时也是对后辈学者的一个教诲，并且在科学研究中颇具指导意义。
许先生治明清史的方法，对后辈学者也有值得借鉴之处。他用史料先取正史，同时及于方志、文集、奏疏、碑传，以及为许多学者不屑一顾的杂史、野史、笔记、戏曲、小说。尤其是利用明清小说和戏曲研究明清史，取得了令人瞩目的科研成果，值得我们认真学习。
许先生不仅是一位蜚声学界、德高望重的著名明清史专家，同时也是一位众口皆碑的教育家。他在五十年的教学生涯中，十分认真负责，无论对于中国通史中的明清部分（基础课），还是明清史研究（专题课），他都讲过许多遍了，许多史料、理论，倒背如流，可是他每次上课，都要重新备课，重新写讲稿，讲稿都用正楷抄写，字字工整。在讲课时，更是字斟句酌，不肯稍有疏忽。课下还认真为学生（无论是中国学生还是外国留学生）答疑解难，鼓励后进生增强克服困难的信心。他还热诚地培养学生独立进行科研的能力。可是说，许先生五十年的教学生涯，一直都在认真地实践着自己的甘为人梯、自觉地做脚踏板的誓言，堪为高等学校教师的楷模。
