寄生虫病因证候的新发展《诸病起源论》对寄生虫病发病原因、不同病的发病区域、各疾病的证候表现及对寄生虫性状、生活习性和侵入途径等一系列进行观察记载，至今仍然具有大的领先意义。巢元方在论述血吸虫病(古名为射工、溪毒、水毒等)时指出：血吸虫病发病具有地域特殊性，参吴(江浙一带)以东、江南一带的山洞溪水、水泽沼地为该病流行区域。血吸虫的生活习性发病季节，巢元方认为血吸虫冬月蛰服土内，夏月在水内，人行水上及以水洗浴时易患病；雨水过大，便随水流入人家。
发病季节多为春秋两季，患者有疫区水域接触的经历。关于血吸虫病的征候表现，在水毒、射工、溪毒、中水、溪温等病名下均有描述，主要表现为初起寒热恶冷、头微痛、目眶痛、腹痛、心烦、洞泄、齿龈溢血，继则饮食不入，神志错乱恍惚等等。并在当时可能实施的条件下提出一独特的诊断方法：以大蒜数升捣碎放入温水中，令患者自浴，浴后遍身赤色斑纹出现者，即为血吸虫感染。这方法以今天的角度来看，或许早已落后不足一提，然而对一千多年前的医学及社会发展水平而言，是一大胆的探索和可行的措施。关于沙虱(恙虫病)感染人，巢元方指出系由于在疫区的山洞水泽中洗浴，或阴雨天行涉于草丛中，细不可见的沙虱便“着于人身”，“钻入皮里”。关于预防发病的方法，巢氏指出应以微火熏燎有可疑接触史者全身，以期沙虱畏热而自行堕地。在关于沙虱病的记载中，古老的以毒攻毒思想具有免疫学意义上的萌芽作用，巢氏提出在冬季将沙虱研为细屑，合麝香末涂于周身，以期预防日后发病。 另外，《诸病源候论》还令人惊叹地论述到肠吻合术的实施方法步骤、术后注意事项等。肠吻合术应和于腹部创伤肠管断裂者，取断肠两端可见者，迅速以针缕如法，边续断肠，后取鸡血涂于缝口上，勿令气泄，推入腹内。术后护理重点在于二十日内研米粥饮服，不可饱食，术后百日方可正常进食。虽然我们不可能了解到这种肠吻合术如何消毒，如何抗感染等以及它的成功率有多高，只要想到这是公元7世纪的外科手术记载，便足以感慨不已了。更为惊人的是，《诸病源候论》还记载了大网膜的切除术，包括坏死的大网膜部分的血管结扎和大网膜部分切除术。采用生丝线将腹部外伤中受损的大网膜动脉结扎一夜，造成供血区域的扇形坏死，次日将其坏死部分一并切除；切除术后不可立即缝合腹腔，须将腹腔内血汁导出(引流)；缝合部有严格的纵横、阴阳、逆顺、缓急等层次区别，使腠理皮肤，复愈如常。这一记录证明了《诸病源候论》所介绍的外科腹部水平是公元7世纪人类外科医学的最高峰。
