嵊泗县民政局内部设有一系列科室及直属单位，负责不同的民政事务管理工作。
1. 内设科室包括：
办公室（计划财务）: 协助局领导处理日常行政事务，负责文秘、信息、宣传等工作，以及人员考核、经费管理和国有资产清查管理。
优抚安置科: 贯彻执行优抚安置政策，负责抚恤、优待和安置工作，包括军队离退休干部和退伍军人的接收安置。
社会福利救灾救济科: 管理社会救济、救灾工作，指导扶贫济困和社会捐赠活动，负责流浪乞讨人员救助和老龄工作。
社会事务科: 主管殡葬管理，推动婚丧习俗改革，指导城乡公墓地规划。
基层政权和社区建设科: 负责基层政权建设和社区指导工作，推动村民和居民委员会组织法的实施。
2. 下属单位包括：
双拥共建领导小组办公室: 负责“双拥”工作的规划和协调，处理军地关系。
老龄工作委员会办公室: 调研老龄工作，开展尊老敬老活动，监督老年法的执行。
民间组织管理办公室: 管理社团和民办非企业单位的注册和监督。
殡葬管理办公室: 全县殡葬管理及公墓地管理。
地名委员会办公室: 规范地名管理和行政区域界线管理。
福利企业管理办公室: 社会福利企业管理和残疾职工权益保障。
婚姻登记服务中心: 负责婚姻和儿童收养登记。
殡仪馆: 提供遗体火化和殡仪服务。
社会福利院: 负责老年人晚年休养。
社会福利中心: 提供各类社会福利服务。