建院初期(1958-1974)
始建于1958年，1958年9月，经中共北京市委、市政府批准，由原农业试验站、兽医站、养鱼站和中国农科院下放到北京市的蔬菜所、养蜂研究所委基础组建成北京市农业科学院，委副局单位，隶属北京市农业局。党的领导机构：中国共产党北京市农业科学院总支部，隶属中共北京市政府机关委员会。 院下设农业、蔬菜、果林、畜牧兽医、养蜂、水产、农机、土肥8个研究所（室）和院办公室。其他蔬菜、养蜂研究所隶属中国农科院和北京市农业科学院双重领导。当时有关职工500多人，其中科技干部200人左右。党总支书记、院长徐督。院址：德胜门外皇姑坟（冰窖口）。
从1958年建院，到1962年院建制撤销，到1968年组建新的北京市农业科学研究所期间我院的农业科研主要解决城市副食品供应不足和育种、栽培技术落后等问题。按照科研队伍的“三三制”和“科研十四条”，开展总结群众先进经验，进行蔬菜品种引种试验和土壤普查，同时开展桃育种、大白菜抗病育种、北京黑猪品种选育、北京鸭的品种选育等项目的研究。北京黑猪品种选育、北京鸭的品种选育等项目的研究。
我院土豆专家马大燮（左1）及试验工郭长启（右1）在丰台基点观察种薯催芽的效果
二十世纪七十年代，我院科技人员攻克土豆种薯催芽难关，通过“二季作”获得了种薯，解决了北京地区土豆退化的问题。
建设调整期(1975-1982)
1975年1月恢复北京市农业科学院建制——期间针对粮食生产停滞、蔬菜供应困难和肉食供应短缺等问题，重点开展两种换代、抗病品种选育等以育种为中心的科研工作，培育出一批粮食和蔬菜新品种。如小麦“丰抗号”和“京双号”、夏玉米新杂交种“京早七号”等。同时大力推广两茬平播配套技术，为北京地区耕作制度改革做出了突出贡献。
我院作物所著名专家胡道芬等主持的《花培冬小麦优良品种“京花一号”的研究》项目，1984年获得北京市政府特等奖。“京花一号”是利用划分单倍体育种法与常规杂交育种法相结合培育出的世界上第一个在生产上大面积推广种植的小麦花培新品种，它的研究利用大大缩短了育种年限，提高了选择效率，丰富了遗传基础，为我国小麦育种工作开辟了一条行之有效的新途径、新方法。
我院综合所主持的《现代化新农村的雏型—窦店综合试点》项目与1988年获得北京市星火科技一等讲和国家星火科技奖。自1977年以来，我院率先在房山去窦店村、密云县四合村开展农业现代化综合试点工作，其中窦店村从粮食增产入手，改革耕作制度，通过农艺农机结合、农牧结合，采用小麦玉米两茬平播全程机械化，实现农业生产的良性循环，为探索京郊平原地方乃至全国发展现代农业提供了新模式。
改革发展期(1983-1995)
从1983年5月更名为北京市农林科学院开始——主要围绕市民的“菜篮子”与“米袋子”，适时进行科学研究体制和科技推广体制的改革。使全院由单纯的研究型向科研、开发、经营型转变，农业科研工作进入稳定发展期，取得了一批对促进京郊农业生产有重要作用的优秀科研成果。同时在全国率先开展了科研管理体制改革，以科技承包制为核心，贯彻“科技为京郊建设服务”的方针，进一步优化了科研资源，调动了科技人员服务京郊的积极性。
我院蔬菜所著名专家贾翠莹等主持的《甘蓝自交不亲和系的选育及其配置等七个系列的新品种》项目，1985年度获得国家发明一等奖。该项目在甘蓝自交不亲和系的研究方面取得了重大突破，育成了国内第一个甘蓝杂交一代“京丰1号”，其后相继选育的报春、秋丰、庆丰、晚丰、双金、园春等七个甘蓝系列新品种在生产上打面积推广应用，创造了显著的经济和社会效益。
我院作物所著名专家陈国平、诸德辉等主持的《京郊平原中低产区粮食增产综合开发研究》项目，1988年获得国家星火科技一等奖。陈国平是全国玉米学科的带头人，先后被授予中央四部委先进个人、全国五一劳动奖章、国家级有突出贡献专家、全国归侨、侨眷优秀知识分子、北京市劳模和农业部先进工作者等称号，与1978年获得全国科学大会奖；1996年获国家科技进步特等奖。
1991年2月19日，英国皇家园艺学会授予我院时任副院长兼蔬菜研究中心主任陈杭研究员金质维奇纪念奖章，以表彰她在推动国际交流与园艺学研究应用方面做出的突出贡献。陈杭同志是获得此项殊荣的第一位中国农业科技专家。
快速发展期(1996-2007)
自院第四次党代会以来，我院按照市科委“一定两改三高”工程目标责任制的要求，深化科技体制改革，在农业高精尖领域建立起一批国家工程中心和重点实验室。1997—2002年，我院相继成立起玉米研究中心、农业生物技术研究中心、农业信息技术研究中心、草野与环境发展研究中心、杂交小麦研究中心等专业研究机构，实施科技攻关、科技示范推广和科技产业化三大工程建设，相继培养出一大批中青年学科带头人，全院的科技创新能力、成果转化能力和技术服务能力得到全面提升。
1999年12月31里，以我院作物所为主育成的“玉米自交系‘黄早四’”，被农业部选中，作为全国农业行业重大科技成果的五个代表之首，参加了在中华世纪坛举行的二十世纪国家重大科技成果封存仪式。“黄早四”是国内玉米育种史上利用率最高的自交系之一，1982—1997年累计推广7.18亿亩，增产粮食179.43亿公斤，净增经济效益为28.42亿元。对我国玉米育种和生产事业产生了巨大而深远的影响。
我院林果所专家主持的《桃、油桃系列品种育种与推广》项目2002年获国家科技进步二等奖。一直以该所为技术依托的平谷区大华山大桃产业基地，现已形成早、中、晚熟系列品种配套，生食、加工品种配套，大桃、油桃、蟠桃品种齐全的全国最大的桃生产基地，有天下大桃第一村的美称。
2003年12月9里—12日，我院农业信息化工程技术研究中心主任赵春江博士随科技部团组赴瑞士日内瓦参加联合国世界信息峰会，会上我院代表申报的“中国电脑农业（农业专家系统）”项目获得联合国世界信息峰会大奖殊荣。
2007年8月，我院召开第五次党代会，选举出新一届党委领导集体，提出把解决都市型现代农业和新农村建设发展重大关键技术作为主要任务。号召全院职工“团结奋进，求实创新”，为把我院建设成具有都市现代农业学科特色的创新型农林科学院而努力奋斗！
我院蔬菜中心率先在国内建立了设施完备的蔬菜种质资源库。几十年来，共收集保存国内外种质资源3万余份，通过收集、引进和田间评价，成功推出了上百个“名特优新”蔬菜品种，极大地丰富了北京乃至全国的蔬菜市场。其中“京欣一号”西瓜具有早熟、质优、高产的特点，在市场竞争中常立于不败之地，成为我国优质西瓜的名牌品种。
