麻省理工的电子工程、机械工程、物理学、化学、经济学、哲学、政治学专业是最强的。
麻省理工学院的工程系是最知名、申请人最多和最“难读”的学系，并曾连续七届获得美国工科研究生课程冠军，其中以电子工程专业名气最强，紧跟其后的是机械工程。
美国工程教育学会执行主任Karl Willenbrock曾经说过，“如果麻省理工学院忽然消失，国家安全堪忧。他们是工程的IBM。”
其余的学科如物理学、化学、经济学、哲学、政治学、建筑学也都非常优秀。近数十年兴起的供应链管理专业（Supply Chain Management）也是麻省理工的强项，MIT的MLOG（Master of Engineering in Logistics）项目已多年在全美排名第一。
借助MIT在在制造业和交通领域的优势，MLOG汇集了供应链和物流领域最权威的师资力量，并和世界五百强公司建立了良好的合作关系。
此外，MIT斯隆商学院的MBA项目在世界范围内享有盛誉，是美国极富盛名的“魔术七大”（M7）顶级商学院成员之一，尤以创业课程和创业文化著称。
麻省理工学院具体专业设置
文学：音乐学、创意写作、文学研究、语言学、戏剧艺术、艺术与设计、比较媒体研究、写作与人文研究、科技写作、中国文学、法语与文学、德语与文学、日语与文学、西班牙语与文学、艺术文化与技术、英语研究与文学、历史、伦理与批判主义、葡萄牙语与文学等。
农学：植物分子遗传学等。历史学：考古学与材料学、历史、伦理与批判主义等。医学：免疫学、病毒学、脑与认知科学、癌症研究、毒理学与环境健康学、生物工程-致癌作用、生物工程-遗传毒理学、生物工程-药物与毒素新陈代谢、生物工程-微生物发病机理等。
其它：理学、经济学、管理学、法学、政治科学、人类学、科学技术与社会等，专门培养生物医学方面的特殊人才。