1. 办公室：负责撰写重要文件，包括会议组织、文电处理、档案管理、信访保密、政务公开、督查督办等政务工作。负责机关管理、安全保卫、后勤服务和科技宣传，承担新闻发布。
2. 政策法规科：负责拟订科技规范文件，推进科技创新和体制改革，制定科普规划，审核科研机构和科技类民办非企业单位，实施软科学研究计划，进行科技发展重大调研，研究人才资源配置和局属经济实体管理。
3. 发展计划科（市国防动员委员会科技动员办公室）：编制科技发展规划和年度计划，协调实施，提出科技投入政策，协调科技条件平台，评估论证重大科技专项，负责自主创新产品认定和新产品申报，负责科技统计，承担科技动员工作。
4. 条件财务科：提出科技资源配置建议，管理科技基础平台，编制预算和决算，参与科技投入和经费管理，负责基本建设和国有资产管理工作。
5. 高新技术发展及产业化科：拟订规划和措施，实施重大科技专项，引导高新技术产业发展，负责高新技术企业申报和科技企业孵化器指导工作。
6. 农村科技科：制定农业科技发展计划，推进农业科技服务，组织农业科技成果示范，指导农业科技园区建设，实施农村科技特派员计划。
7. 社会发展科技科：拟订社会发展科技规划，实施重大科技专项，推动生物医药技术和可持续发展实验区建设。
8. 对外科技合作与成果科：负责对外科技合作与交流，处理涉港澳台事务，负责科技奖励和管理工作，指导科技成果的登记、推广等。
9. 知识产权管理科：拟订专利事业规划，指导专利管理工作，推动知识产权质押融资，负责专利法规宣传和知识产权人才培养等工作。
10. 专利执法科：制定专利管理规范，处理专利纠纷，参与对外知识产权交流，提供专利法律咨询服务。
11. 科技信息管理科：落实科技信息政策，制定发展规划，指导科技信息工作，负责信息统计分析和资源建设。
12. 人事科：负责干部队伍建设和人事管理，负责宣传教育、思想政治等工作，负责出国出境人员政审。
13. 监察室：负责党风廉政建设，检查执行情况，处理违纪案件，负责群众来信来访和专项清理工作。
14. 离退休人员工作科：协助离退休干部工作，负责政治学习、管理和服务，协助解决实际问题。