苍南县人事局内设多个部门，各司其职，确保人事管理的高效运行。首先，办公室负责全局政务的综合协调和督促检查，包括起草文件、制定办公制度、组织会议、处理文电、管理档案保密等事务，同时处理信访、提案和人事信息系统建设等工作。其次，工资福利科负责全县机关事业单位的工资福利管理，监督政策执行，研究并制定补贴政策，审核工资统发，负责新录用人员和调动人员的待遇处理，以及技术工人等级培训等工作。
公务员管理科负责国家公务员的综合管理工作，包括职位设置、录用、考核、奖励等法规的实施，转业军官安置，以及机关工作人员的调动和目标管理考核等工作。而事业人员管理科则专注于事业单位专业技术人员和管理人员的管理，包括职称评定、岗位设置、聘用合同管理以及人才引进和市场规范等。
在人员编制和宏观计划方面，综合计划科负责研究制定人员和工资的中长期计划，编制下达相关计划，并管理工资基金。退休人员的待遇管理由退休人员管理科负责，他们共同研究并实施退休人员的待遇政策，办理退休手续和调整待遇。
此外，县人才开发服务中心承担着人才引进、市场规范和毕业生就业指导等重要职能，与县机构编制委员会办公室联合办公。