南京大学美术研究院自1999年起与哲学系合作，开始招收宗教艺术创作与研究方向的硕士生。2003年，研究院成立并设立了美术学硕士点，同年成为首批国家艺术硕士培养试点单位。至今已培养出数十名硕士人才，现有研究生近百人。这些学生在学期间已取得显著成绩，包括获得国家级奖项8项，参与全国性展览40项，并举办过多次大型个展和群体展。研究院还参与了国家重大历史题材美术创作工程，发表了大量论文和艺术作品。
研究院注重培养学者型艺术家，设立了如《美院论坛》和《大师论坛》等平台，每年邀请国内外人文学者进行学术活动。熊秉明、安东尼·司顿斯、小杉三朗和金凤九等国内外知名学者和艺术家在研究院进行教学、创作并留下作品。研究院还定期邀请国内外艺术家和学者进行讲学和讲座，举办高层次的讲座和展览，如“中国雕塑论坛”、“和平·繁荣雕塑巡回展”和“江苏城市雕塑研讨会”等。
成立以来，研究院的科研成果在国内外享有重要声誉。出版了80余种专著和画册，主办《中国佛教艺术》学术期刊，并成为《中国艺术教育》的理事单位。研究院在学术界活跃，主办了多个论坛和展览，研究成果在《文艺研究》等核心期刊上发表。教授们主持了众多省部级项目，并在国内外展览中获奖无数，如吴为山教授的作品被多国博物馆收藏，且其雕塑公园在韩国建立，作品还被国家美术馆收藏。
院长吴为山教授是杰出的雕塑家和理论家，担任多项重要职务，出版理论著作并获得多个国际奖项。丁方教授以其油画作品和理论贡献影响了中国油画艺术，聂危谷教授在美术史论和实验水墨创作上贡献显著，傅江副教授和封钰副教授在各自研究领域具有建树。方小壮副教授的书法绘画考古研究在国内有影响力。整体而言，研究院在艺术教育和研究领域处于国内前沿，师资力量雄厚，学术氛围活跃，不断向新的学术目标迈进。
南京大学美术研究院前身是成立于1998年的南京大学雕塑艺术研究所，是在中国高等教育改革大好时期，综合性大学实施艺术教育的前提下产生的。所建立之始即立足于对东西方文化的全面观照，确立了史论研究、雕塑研究与创作、环境与宗教艺术研究的科研方向，在校党委和行政的直接领导和所长吴为山教授的努力下雕塑艺术研究所迅速成为一个集雕塑理论和创作、艺术教育、文化交流等为一体的，在国际国内声名鹊起的创作与研究机构。