（1）种蛋的卫生消毒 参见18。
（2）孵化设备及用具的卫生消毒
①孵化机的卫生消毒：种蛋落盘后，即清扫孵化机底部的脏物，然后手提水管冲刷机壳内外壁及底部。不要用高压水枪冲洗，以免水溅到控制元件上，导致机器故障的发生。洗净后，将已冲洗干净的蛋车及蛋盘送入机内，开机干燥并用福尔马林和高锰酸钾熏蒸消毒后，方可进行下一批次的入孵。
②出雏机的卫生消毒：每次出雏结束后，要将出雏车、出雏盘全部移入洗涤室彻底冲洗。对水轮加湿的出雏机来说，出雏后轮叶间会积有大量绒毛，必须卸下轮叶，连同加湿水盘一起，用高压水枪冲净，否则，残存于轮叶间的绒毛会因腐烂而造成严重污染。机顶、机壁和排气管道可用季胺类消毒液浸泡过的抹布擦拭干净，有条件的地方可用吸尘器吸尘。待出雏盘、轮叶等都冲净后，送入出雏机装好，开机干燥；然后，经熏蒸消毒后进行下一批次的落盘。
③其他用具：工作桌、鉴别桌、运蛋车等使用后都要冲洗、消毒，并置阳光下晒干备用。
（3）孵化车间的卫生管理 蛋库门口应设消毒设施，进库前须换鞋、更衣。蛋库内每周熏蒸消毒一次，蛋库内地面必须做到无积水及碎蛋污渍。孵化间的地面每周要用消毒液（如0.2%复合酚溶液）浸泡的拖布拖擦两次，用消毒液浸泡的抹布擦拭室内其他物体表面。天花板、墙角等处常积有灰尘及蛛网，可用吸尘器定期吸除。室内空气可采用季胺喷雾消毒。当雏鸡发出后，必须尽快清除出雏室、鉴别室、待运间内的废弃物，并进行冲洗，然后用福尔马林溶液熏蒸消毒。
（4）孵化场外环境的卫生管理 改善孵化场外环境的卫生状况，不仅可减少对场内的污染，而且能为胚胎发育提供更为洁净的新鲜空气。因此，需要定期清除孵化场周围环境的杂物，修剪维护好绿化带；定期投放鼠药，减轻鼠害；每周用消毒液喷洒周围环境一次；对雏鸡发售窗口外的客户接雏专用道路加强冲洗与消毒等。
（5）人员的卫生管理 孵化场工作人员必须严格遵守卫生防疫制度，进场须更换消毒过的外衣、鞋帽，然后在消毒盆洗手（消毒液一般为0.1%新洁尔灭溶液）后，经消毒池进入工作间。不准将孵化场使用的工作服、鞋、帽带出场外，也不准将与生产无关的物品带入场内，更不准与鸡舍工作人员串岗。