一、福利待遇方面。新公务员法规定，一级主任科员在工资收入方面比正科实职要高，一般情况相差两三百元左右，毕竟一级主任科员相当于“大正科”，这一点基本是大家公认的，但这只是大家看到的表面现象而已。暂且先不拿县级层面的正科实职（局长）来比，就拿市级部门的正科实职（科长）来比，比如组织人员到区县进行几次例行检查，出差补助就把少的部分填补起来了，甚至还比一级主任科员收入高，当然这只是其中的一方面，还有其他方面，体制内的人都懂的，这里不再细说，更不用说区县一级的正科实职（局长）的收入了。因此，从福利待遇方面来说，正科实职的福利待遇是要比一级主任科员的福利待遇要高，很多人看到一级主任科员比正科实职要高，那只是表面而已。
二、工作强度方面。俗话说，有得必有失。虽然一级主任科员的福利待遇比不上正科实职，但一级主任科员工作压力很小，不用承担太大责任，不用思考很多事情、更不会长期熬夜加班和操那么多闲心，只要把自己岗位上的事情做好就OK了，有更多的时间陪伴家人。而正科实职（科长或局长）就不一样了，很多事情需要亲自过问，每天开会多、事情也多，担子重，面临的压力也大，一旦出错，有可能会被面临追责问责。因此，工作强度方面来说，一级主任科员相对来说比正科实职轻松很多。
三、理解认识方面。很多人认为一级主任科员不是领导，只是个办事员，毕竟和办事员一样从事的工作很具体，在办公室属于“打杂”一类的人，仍然要接受正科实职（科长或局长）的领导。而正科实职（科长或局长），基本只需要安排工作办公室的人员怎么做，然后检查核实就可以了，也就是人们口中经常说的“官”。因此，在很多人眼中，正科实职和一级主任科员就好比“当官”的和“打杂”的，是一种指挥与被指挥的关系。
四、晋升空间方面。说到晋升空间，先得看看平台高低，这是体制内是很重要的一点。首先来说说县级层面哪些人能够晋升为一级主任科员，比如：县级机关的局长、常委部门的副职（高配正科），乡镇党委书记、镇长和人大主席，人大主任和政协主席等人，从某种程度上来说，四级调研员基本是为这些人准备的。毕竟在县一级，可以晋升为一级主任科员的人数有比例规定，虽然县级部门有些人是一级主任科员，但有些资历条件不够，最终也只能与四级调研员无缘。
再来看看市一级层面，由于市一级平台比较高，普通干部不任实职同样可以晋升为一级主任科员，也有一级主任科员直接转任副处实职的，但实际情况不多。根据以前的惯例，提拔副处实职，很多还是从正科实职（科长）中考虑的。
因此，总的来说，正科实职比一级主任科员在晋升副处方面有优势，越到基层晋升副处的优势越大。