根据上述职责，市政府办公室设立市突发公共事件应急管理办公室和22个职能处室。其中：市突发公共事件应急管理办公室归口管理应急综合协调处和应急预案管理处。
（一）秘书处。指导全市政府系统公文处理工作；负责市政府及办公室公文的收文、分发、运转、拟办、核稿、印制、备案和归档等工作；承办市政府全体会议、常务会议的材料准备、记录、纪要整理；负责管理市政府、市政府办公室的印章和介绍信，制发由市政府颁发的印章。
（二）信息处。负责组织全市政务信息网络建设，指导全市政务信息工作；负责市政府政务信息的收集、编报工作；参与综合性的调查研究。
（三）市政府研究室。负责全市政务调研网络建设，指导全市政府系统调查研究工作；组织或参与有关全市经济社会发展重大问题的调查研究；对市政府重大决策部署和重要工作实施开展调研分析，提出建议意见；参与市政府工作报告等综合性材料和市政府重要文件的起草。
（四）综合一处。负责组织起草市政府工作报告、市政府全体会议工作报告、市长的重要讲话稿；负责市长日常工作安排、文电处理和批示办理的组织协调；负责市长重要活动的协调、衔接和落实工作；负责市长分管联系部门公文协调、衔接工作。
（五）综合二处。负责常务副市长日常工作、会议、活动等的组织、协调和落实；负责起草常务副市长的讲话材料；负责常务副市长批示的传达、督办；负责常务副市长联系部门的公文办理和工作协调。
（六）农经处。负责分管副市长日常工作、会议、活动等的组织、协调和落实；负责起草分管副市长的讲话材料；负责分管副市长批示的传达、督办；负责分管副市长联系部门的公文办理和工作协调。
（七）城建处。负责分管副市长日常工作、会议、活动等的组织、协调和落实；负责起草分管副市长的讲话材料；负责分管副市长批示的传达、督办；负责分管副市长联系部门的公文办理和工作协调。
（八）工贸涉外处。负责分管副市长日常工作、会议、活动等的组织、协调和落实；负责起草分管副市长的讲话材料；负责分管副市长批示的传达、督办；负责分管副市长联系部门的公文办理和工作协调。
（九）交通处。负责分管副市长日常工作、会议、活动等的组织、协调和落实；负责起草分管副市长的讲话材料；负责分管副市长批示的传达、督办；负责分管副市长联系部门的公文办理和工作协调。
（十）科技处。负责分管副市长日常工作、会议、活动等的组织、协调和落实；负责起草分管副市长的讲话材料；负责分管副市长批示的传达、督办；负责分管副市长联系部门的公文办理和工作协调。
（十一）文卫处。负责分管副市长日常工作、会议、活动等的组织、协调和落实；负责起草分管副市长的讲话材料；负责分管副市长批示的传达、督办；负责分管副市长联系部门的公文办理和工作协调。
（十二）社会处。负责分管副市长日常工作、会议、活动等的组织、协调和落实；负责起草分管副市长的讲话材料；负责分管副市长批示的传达、督办；负责分管副市长联系部门的公文办理和工作协调。
（十三）政府信息公开处。指导、协调、监督全市政府信息公开工作；组织编制市政府及办公室的政府信息公开指南、政府信息公开目录和政府信息公开年度报告；负责市政府及办公室的政府信息公开工作。
（十四）市长专线电话室（市人民建议征集办公室、人大政协工作联络处）。负责市长专线电话网络建设，指导县（市、区）长专线和市级网络单位开展工作；负责市民诉求、建议的受理、答复、交办、督办和反馈工作；组织市政府领导和部门主要负责人接听市长专线电话；组织开展人民建议征集活动，汇编重要信息报送市政府领导参阅；负责与市人大常委会、市政协的日常联络工作；负责市政府接收的国家、省、市人大建议、政协提案的办理工作；负责对市政府各部门承办建议提案工作的指导与监督。
（十五）机要处。负责市政府及办公室的机要工作，统一收发、保管机要文电和档案；组织制订市府办机关的保密工作计划，落实保密工作部署，拟订或修订保密管理制度，组织指导定密和密级变更工作，组织协调保密审查工作；指导、检查、监督市政府工作部门和各县（市、区）政府落实保密制度和保密技术防范措施，会同有关部门做好涉密通信、计算机和网络信息安全管理工作。
（十六）人事处。负责市政府办公室机关和直属单位的机构编制、干部人事、教育培训、劳动工资、职称评聘、出国政审和离退休人员管理服务工作；牵头负责市政府办公室的目标管理工作；联络市政府驻外办事机构。
（十七）行政处。承担市政府办公室日常行政事务工作，联系安排市政府及办公室领导的内外事活动；负责需由市政府办公室安排的重大会议的会务工作，协助做好市政府主要领导重大活动的组织协调和后勤保障工作；负责市政府办公室安排的内外宾接待工作；管理、结算市政府专项经费和市政府办公室经费工作；负责市政府办公室固定资产的购置管理、会议室使用管理和车辆调配维护工作。
（十八）应急综合协调处。协助市政府领导分析突发公共事件的发展态势，确定启动应急预案的级别；接收、报告和发布突发公共事件的紧急信息；传达和督促落实市政府领导的指示；协助市政府领导做好有关应急处置工作；参与突发公共事件的总结评估和应急处理的专题报告；承担应急办日常工作。
（十九）应急预案管理处。负责市总体应急预案的修订和预案体系的完善；检查指导各级、各部门应急预案的制订和落实；参与应急工作有关规章制度、规划和政策的拟订；组织、指导应急预案的演练；组织公共安全的宣传教育和应急工作的干部培训；建立和管理应急处置档案材料。
（二十）反走私处。负责组织协调全市反走私综合治理工作；协调走私大要案的查处工作；协调处置有关反走私的突发、应急事件；加强反走私部门工作联系，会同有关部门提出缉私调剂资金分配方案，监督检查资金使用情况。承担市政府反走私办公室日常工作。
（二十一）海防管理处。协调海防综合治理和专项治理行动；制订海防基础设施建设规划，编报海防基础设施建设项目；指导组织实施海防基础设施建设及其维护管理工作；配合做好沿海地区军事设施安全保护工作；开展海防政策法规宣传、基本知识教育、理论研究和业务培训；负责加强海防管理部门工作联系。承担市政府海防管理办公室日常工作。
（二十二）口岸管理处。制订并组织实施全市口岸开放规划；负责口岸开放的报批工作；负责口岸查验单位设置、建设的规划、报批工作；协调全市口岸客、货运输管理工作；会同有关部门做好开辟国（境）外航线报批工作；协调、督促地方电子口岸建设；组织协调文明和谐口岸建设工作；承担市大通关建设日常工作。承担市政府口岸管理办公室日常工作。
机关党委。负责市政府办公室机关及直属单位的党群工作。
