有机合成色素安全性评价
对食用合成色素的安全性存在争议主要集中在有机合成色素，有机合成色素可以改善商品外观并吸引消费者购买，于是有不法分子在利欲驱使下，突破允许使用品种、范围和数量，滥用、重剂量使用色素，更使食品安全面临挑战 。
食用色素对人体有危害，主要是由于食用合成色素多以苯、甲苯、萘等化工产品为原料，经过磺化、硝化、偶氮化等一系列有机反应而成，大多为含有R —N N —R′键、苯环或氧杂蒽结构化合物。因而许多合成色素有一定毒性，必须严格控制使用品种、范围和数量，限制每日允许摄入量(ADI) 。有些色素长期低剂量摄入，也存在致畸、致癌的可能性。
胭脂红作为一种偶氮化合物在体内经代谢生成β-萘胺和α-氨基-1-萘酚等具有强烈致癌性的物质，胭脂红与欧盟标准禁用的苏丹红Ⅰ同属于偶氮类色素，偶氮化合物在体内可代谢生成致突变原前体，芳香胺类化合物，芳香胺被进一步代谢活化后成为亲电子产物与DNA 和RNA 结合形成加合物而诱发突变 。
有研究表明食用合成色素能加重或恶化多动症症状。有些合成色素是偶氮类物质，而偶氮类物质已被确定为不安全的，具有潜在的过敏反应和致癌性。前苏联在1968-1970年曾对苋菜红这种食用合成色素进行了长期动物试验，结果发现致癌率高达22%。美、英等国的科研人员在做过相关的研究后也发现，不仅是苋菜红，许多其它的合成色素过量摄入也对人体有伤害作用，可能导致生育力下降、畸胎等等，有些色素在人体内可能转换成致癌物质。特别是偶氮化合物类合成色素的致癌作用更明显。此外，许多食用合成色素除本身或其代谢物有毒外，在生产过程中还可能混入砷和铅。
GB 2760许可的有机合成色素基本上都是JECFA规定了ADI值的准许在食品中使用的着色剂，这些着色剂在纯度上符合食品级的规格要求，因此按照GB 2760在食品中使用不会对人体造成任何伤害。
无机合成色素安全性评价
二氧化钛是稳定的无机合成色素，对于光、氧气、pH的变化和微生物都很稳定。二氧化钛已经经过了许多安全检验，发现没有基因毒性，没有致癌性，在大鼠、狗、猪和兔子的试验中都没有毒害作用。
天然等同合成色素安全性评价
当第一个合成的类胡萝卜素—β-胡萝卜素被建议作为食品着色剂使用时，尽管人们相信β-胡萝卜素，但仍进行了一系列的试验。很多人认为合成的制剂可能包括少量的污染物，但β-胡萝卜素经口急性毒性非常低。大量的证据表明β-胡萝卜素对人体是无害的。然而，也有一些证据表明人体摄入过多的β-胡萝卜素会导致胡箩卜素过多症而使皮肤呈橘黄色。JECFA规定所有类胡萝卜素着色剂的ADI值为0~15mg/kgbw。无论是合成β-胡萝卜素，还是合成番茄红素，都具有天然等同物的化学结构，人类长期的食用史证明其对人体不会造成任何危害 。
叶绿素铜钠（钾）盐安全性评价
叶绿素铜钠（钾）盐是天然叶绿素经化学改性后的铜叶绿素，经动物试验安全性高，出美国仅允许在牙膏中使用外，世界其他各国普遍许可其在食品中使用。铜叶绿素仅仅是用铜离子取代叶绿素中的镁离子而得到的稳定络合物，虽然经过了化学改性，但也经常被认为属于天然色素 。
